Der Botaniker Francis Hallé hat viele Jahre damit verbracht, die Regenwälder zu studieren und die Geheimnisse des Zusammenwirkens von Pflanzen und Tieren zu entschlüsseln. In DAS GEHEIMNIS DER BÄUME führt er die Zuschauer auf eine einmalige Reise in die Tiefen des tropischen Dschungels und erzählt die Evolutionsgeschichte eines Urwalds. Mit kuriosen Allianzen und überraschenden Täuschungsmanövern sichern dessen Bewohner seit Jahrhunderten ihre Existenz. Ameisen werden zu Untermietern und Verteidigern riesenhafter Bäume, Insekten lassen sich von Pflanzen an der Nase herumführen und Urwaldgewächse fungieren als Regengötter. Der Film zeichnet das Bild eines gefährdeten Naturwunders, das sich aus eigener Kraft erneuern und heilen kann - wenn ihm Zeit und Raum dafür gegeben werden. Das Kino nimmt damit an einer globalen Bewegung zur Stärkung des öffentlichen Bewusstseins für die Erhaltung des Waldes teil. Luc Jacquet und Francis Hallé zeigen, dass Entwicklungsbiologie nicht in verstaubte Lehrbücher, sondern auf die große Leinwand gehört.