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Patlabors sind riesige, von Menschen gesteuerte Roboter, die für zivile wie militärische Zwecke genutzt werden. Sowohl die japanische Polizei wie auch die Verteidigungsstreitkräfte haben eigene Patlabor-Einheiten. Südost-Asien 1999: Japan nimmt mittlerweile an Kriegseinsätzen der Vereinten Nationen teil. Diesmal soll ein Patlabor-Einheit eine sich im Dschungel versteckt haltende Terroristen-Gruppe ausheben – die Blauhelm-Truppe wird komplett aufgerieben. Der Leiter dieser Einheit: Yukihito Tsuge, schwört Rache an der japanischen Regierung, die für ihn nur aus rückgratlosen Weichlingen besteht. Tokyo 2002: Die Stadt wird durch eine Welle von Terroraktionen erschüttert. Ein Teil des Militärs spaltet sich ab und verhängt den Ausnahmezustand. Nur die Patlabor-Truppe kann Japan noch retten – schließlich kommt der Kopf hinter dieser gigantischen Verschwörung aus ihren Reihen...