Eine dauerhaft funktionierende Serie lebt von ihren Charakteren. So bindet auch „Naruto“ seine Zuschauer über die tollen Figuren, die einem mit der Zeit einfach ans Herz wachsen und das Verlangen nach dem nächsten Abenteuer wecken.
Nach der Geninprüfung werden die jungen Ninjaschüler in Dreierteams aufgeteilt und müssen neben den Kampftalenten auch Gruppenkompetenz erlernen. In diesen Teams werden sie die nächsten Jahre ihres Lebens lernen und Missionen erledigen. Naruto Uzumaki wird zusammen mit Sakura Haruno und Sasuke Uchiha in Team 7 gesteckt, ihr Lehrer ist Kakashi Hatake. Wie sich im späteren Verlauf der Serie herausstellen wird, ist dies eine schicksalhafte Konstellation, die sogar die ganze Welt in Gefahr bringen oder retten kann. Schon die unglückliche Dreiecksbeziehung zwischen den Jugendlichen ist ein Indikator für das verhängnisvolle Schicksal, denn Naruto liebt Sakura, die aber himmelt Sasuke an. Und dieser verschwendet keinen Gedanken an Liebe, sondern hat nichts anderes als Rache für seinen von seinem Bruder ausgerotteten Clan im Kopf. Dazu kommt ihr Lehrer Kakashi, der als ehemaliges ANBU-Mitglied (einer extrem disziplinierten, im Schatten agierenden Spezialeinheit) sehr streng und kühl ist. Seine Vergangenheit ist von Leid und Tod geprägt und er musste einige sehr schwere Entscheidungen treffen, die ihm noch immer zu schaffen machen. Als Lehrer hat er lange Zeit kein einziges Team bestehen lassen. Erst Team 7 konnte ihn überzeugen, was wohl auch an den vielen Parallelen zu seinem Team aus seiner Geninzeit liegt. Dieser Handlungsstrang ist vielleicht der beste der Serie, auch wenn nur ein Bruchteil davon in „Naruto“ vorkommt und man den Großteil erst in „Naruto: Shippuuden“ erfährt.
Aber auch neben den Hauptcharakteren aus Team 7 können alle anderen jungen Ninja überzeugen. Durchweg alle Teams setzen sich aus interessanten Persönlichkeiten zusammen, die mit geheimnisvollen Vergangenheiten aufwarten und spannende Konflikte auslösen. Da wäre vor allem Team 10 bestehend aus Shikamaru Nara, Choji Akimichi und Ino Yamanaka, die eine unvergleichliche Teamarbeit an den Tag legen und den Erwartungen ihrer Eltern, die in derselben Konstellation kämpfen, gerecht werden müssen. Aber auch der Hyuga-Clan mit seiner Zweiklassen-Ordnung sorgt für aufgeheizte Auseinandersetzungen zwischen Hinata und Neji Hyuga. Rock Lee aus Team 9 ist von Natur aus nicht in der Lage Ninjutsu oder Genjutsu (Ninja-Techniken unter Einsatz der körpereigenen Kraft Chakra) einzusetzen, sondern muss sich allein durch den physischen Kampf (Taijtsu) beweisen.
Narutos späterer Lehrmeister Jiraiya ist neben Tsunade und Orochimaru Mitglied der Sannin, der „Drei legendären Ninja“. Diese Figuren beruhen auf dem japanischen Märchen „Jiraiya Goketsu Monogatari“ (dt. „Die Geschichte vom tapferen Jiraiya“). Dort ist Jiraiya ein Ninja, der sich in eine riesige Kröte verwandeln kann. Er verliebt sich in Tsunade, die die Schneckenmagie beherrscht und er kämpft gegen Orochimaru, der sich in eine Schlange verwandelt. Kishimoto hat diese Erzählung wunderbar in seine Welt integriert. Die drei verwandeln sich nicht mehr, sondern beschwören die entsprechenden Tiere, wobei Orochimaru sich gelegentlich in eine Schlange verwandelt und Jiraiya im Sennin-Modus einer Kröte ähnelt. Jiraiya hatte auch hier eine Beziehung zu Tsunade und Orochimaru wird zum Verräter und gemeinsamen Feind.