Eine dunkle Begierde findet sich auch bei denen, die sich zur Aufgabe gemacht haben die Begierden des Menschen zu erforschen. So auch bei Carl Gustav Jung (Michael Fassbender), der als Leiter einer psychiatrischen Klinik die Therapie einer ebenso schönen wie intelligenten jungen Russin zu verantworten hat. Um Sabina Spielrein (Keira Knightley) von ihren aggressiven und hysterischen Anfällen zu kurieren, wendet Jung die neue Methode der Psychoanalyse an. Bei der Erforschung des Lebens und der Leidenschaften der jungen Frau erkennt C. G. Jung auch seine eigenen unterdrückten Instinkte. Zwischen Therapeut und Patientin entsteht Eine dunkle Begierde, die sowohl die Ehe als auch die Reputation des bekannten Arztes zu zerstören droht.