Der 14-jährige Schüler Shinji Ikari kommt auf Wunsch seines Vaters Gendō nach Neo Tokyo-3. Auf dem Weg dorthin gerät er mitten in den Kampf des Militärs gegen eine riesenhafte Kreatur, die als der „vierte Engel“ bezeichnet wird. Shinji wird in das Hauptquartier der geheimen UN-Organisation NERV gebracht, die von seinem Vater geleitet wird. Er ist als Pilot für den Evangelion Einheit 01 vorgesehen, einer humanoiden Universalkampfmaschine, die speziell für den Kampf gegen die Engel entwickelt und gebaut wurde.