Battle For Terra ist die umgekehrte Geschichte einer Invasion durch Aliens, wobei in diesem Fall die Menschen die Eindringlinge sind. Die Handlung nimmt ihren Anfang mit MALA, einer jungen Außerirdischen vom Planeten Terra, deren Vater Roven während einer feindlichen Invasion entführt wird. Um ihren Vater zu retten, kidnappt Mala den abgestürzten und verletzten, ursprünglich von den Menschen entsandten Piloten Jim. Während Mala Jim gesundpflegt, erzählt er ihr, dass die Erdatmosphäre für Menschen unbewohnbar geworden ist. Der Plan von Earthforce besteht darin, auf dem Planeten einen Terraformer einzusetzen, um Terra für Menschen bewohnbar zu machen und gleichzeitig die Atmosphäre für die einheimischen Terraner zu vergiften. Mala und Jim versuchen gemeinsam, eine friedliche Lösung zwischen den beiden Spezies zu finden, doch Earthforce unter der Leitung von General Hemmer bleibt unnachgiebig...