Im unruhigen Fahrwasser des späten 16. Jahrhunderts sieht sich Elizabeth der größten Herausforderung ihres königlichen Lebens gegenüber. Intrigen am Hof bedrohen ihren Thron genauso wie die Kriegserklärung durch den spanischen König Philip II (Jordi Molla), der das protestantische England mit seiner gigantischen Armada für den katholischen Glauben zurückerobern will. Geprüft auch durch ihre Gefühle für den jungen Seefahrer Sir Walter Raleigh (Clive Owen), zieht Elizabeth in den Krieg gegen Spanien, während ihr wichtigster Berater Sir Francis Walsingham (Geoffrey Rush) eine mörderische Verschwörung aufdeckt und damit unwissentlich England an den Rand des Untergangs bringt.