Ein schöner, nackter Amnesist findet sich am Times Square, der mit mysteriösen Tattoos bedeckt ist, darunter eines mit dem Namen des FBI-Agenten Kurt Weller. Special Agent Weller und sein FBI-Team müssen die Karte der Hinweise auf Jane Does Körper entschlüsseln, um einen tödlichen Terroranschlag zu verhindern. Wer ist Jane Doe - ist sie ein Aktivposten oder Feind? Wer hat ihr Gedächtnis gelöscht? Und wer steckt hinter den Tattoos?

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Das Team öffnet ein kryptisches Tattoo, das auf Major Arthur Gibson verweist, einen Luftwaffenpiloten mit einer schmerzhaften Vergangenheit und einer tödlichen Agenda. Jane sucht weiter nach Hinweisen auf ihre Identität und wird verfolgt, als Blitze einer verstörenden Erinnerung sie zwingen, ihre Vergangenheit in Frage zu stellen. In der Zwischenzeit denkt Weller, dass er vielleicht Janes wahre Identität kennt.

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Eine berüchtigte Crew von Dieben zieht fast den perfekten Juwelenraub ab, außer dass ein Dieb - mit einem Navy SEAL-Tattoo, das mit dem von Jane identisch ist - am Tatort gefangen genommen wird. Kennt dieser Mann Jane? In der Zwischenzeit erhält Jane einen Besuch - und eine mehrdeutige Warnung - von dem mysteriösen bärtigen Mann aus ihrem ersten Gedächtnis als Weller und Mayfair kämpfen mit Janes Rolle im Team.

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Patterson und ihr Puzzle-Experte David entschlüsseln einen Tattoo-Hinweis, der das Team zu den Centers for Disease Control (CDC) schickt. Während der Zeit im CDC entdeckt das Team eine versteckte Botschaft auf Janes Körper, die eine Handlung aufdeckt, die katastrophale globale Folgen haben könnte. In der Zwischenzeit wachsen Jane und Weller näher zusammen.

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Nachdem sich eine scheinbar einfache Geiselsituation mit tieferen internationalen Implikationen herausstellt, treten CIA und FBI gegeneinander an, um den gleichen Verbrecher mit einer dunklen Geschichte zu fassen. Carter äußert sich besorgt über Janes Vertrauenswürdigkeit, verursacht Reibungsverluste mit Mayfair und testet Reades Loyalität zum Team. Die Begegnung mit Wellers Familie erweist sich für Jane als überwältigend, da sie sich mit ihrer Identität auseinandersetzt.

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Wenn ein Attentat das Team zu einer gefährlichen App führt, die es Kriminellen erlaubt, Regierungsfahrzeuge aufzuspüren, müssen sie mit dem überraschenden Ersteller der App zusammenarbeiten, um sie zu deaktivieren. Jane und Weller versuchen, ihre Beziehung professionell zu gestalten. Zapata kämpft mit einem moralischen Problem.

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Eines von Janes Tattoos schickt das Team an einen abgelegenen Ort, wo sie sich von Angesicht zu Angesicht mit einem gefährlichen Kriminellen in einem Fall wiederfinden, der Jane und Wellers angespanntes Verhältnis auf die Probe stellt und damit droht, Mayfairs Geheimnisse preiszugeben. In der Zwischenzeit bricht Patterson die Regeln, um ein Tattoo-Puzzle zu lösen.

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Nachdem ein Polizist ermordet wurde, öffnet Patterson ein beunruhigendes Tattoo, das seine Ermordung vorhergesagt zu haben scheint, und das Team verfolgt eine gewalttätige Spur, um weitere Angriffe zu stoppen. Mayfair enthüllt Weller Geheimnisse aus ihrer Vergangenheit und testet ihre Beziehung ernsthaft.

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Jane und Weller gehen als Weltklasse-Attentäterpaar undercover, um zu verhindern, dass tödliche Informationen in die falschen Hände geraten. Die intime Aufgabe bringt sie näher denn je. In der Zwischenzeit beginnt David eine Solomission, um Patterson zurückzugewinnen, und Carter kollidiert mit Mayfair darüber, wie man mit einem gefährlichen Individuum umgeht.

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Im spannenden Finale der Zwischensaison verfolgt das Team eine Gruppe von gerade aktivierten Schläferspione und rast, um eine Reihe von Attentaten zu stoppen.

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Jane rollt aus einer Reihe von massiven Enthüllungen über ihre Tattoos und Auseinandersetzungen mit der Frage, ob sie Oscar vertrauen kann. Unterdessen führt ein Tattoo das Team zu einer schockierenden Entdeckung im Schwarzen Meer.

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Nachdem ein gestörter Irak-Kriegstierarzt eine Militärbasis hochschießt, enthüllt das Team eine finstere Handlung. Während Jane und Weller einen zielstrebigen Wissenschaftler stoppen wollen, erinnert sich Jane an ihre eigene mysteriöse militärische Vergangenheit und denkt über eine neue Beziehung zu Oscar nach.

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Nachdem ein Tipp ergeben hat, dass es einen Maulwurf im New Yorker Büro des FBI gibt, muss das Team nach dem Agenten suchen, während es sich einer extremen Prüfung durch Inspektor Fischer stellt. Die tiefsten Geheimnisse des Teams drohen aufgedeckt zu werden, und jeder ist ein potenzieller Verdächtiger - aber einige, insbesondere Jane Doe, haben mehr zu verbergen.

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Ein anonymer Tipp führt das Team dazu, einen dringenden Fall im Todesfall zu untersuchen und schließlich Zapata undercover zu schicken. Nachdem sie während der Maulwurfssuche fast erwischt wurde, erwägt Jane, das FBI zu verlassen.

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Nachdem ein Bild mit einem von Janes Tattoos aus einer Galerie gestohlen wurde, entdeckt das Team, dass Jane das eigentliche Ziel ist. Um ihr Team zu schützen, geht Jane unerlaubt weg.

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Nachdem ein gepanzerter Lastwagen ausgeraubt wurde, entdeckt das Team, dass es sich bei den gestohlenen Gütern um chemische Waffen handelt, und sie müssen rasen, um einen terroristischen Anschlag zu verhindern. In der Zwischenzeit kämpft Jane mit einer verwirrenden Erinnerung an Weller - und rückt Oscar immer näher. Inzwischen erhält Patterson einen Anruf von jemandem aus ihrer Vergangenheit.

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Nachdem Patterson eine versteckte Botschaft im Kreuzworträtsel der New York Times entdeckt hat, begibt sie sich auf eine Tattoo-Scavenger-Jagd, die sie in Gefahr bringt. Oscar erzählt Jane schließlich mehr darüber, wer sie war, und Weller sucht die Meinung seines Vaters darüber, wer Taylor Shaw entführt hat.

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Um einen gefährlichen internationalen Kriminellen zu fassen, sind Jane und Weller gezwungen, mit der einzigen Person zusammenzuarbeiten, die sie treffen werden: ihrem früheren Ziel, Rich DotCom. Jane muss entscheiden, ob sie riskieren will, Weller zu verletzen, indem sie einen moralisch fragwürdigen Befehl von Oscar ausführt.

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Wenn während der Untersuchung einer Tätowierung ein Schulschießen ausbricht, teilt sich das Team auf, um den Schützen zu erledigen. Mayfair bewältigt einige Probleme aus ihrer Vergangenheit.

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Als ein mysteriöses junges Mädchen mit einer Tattoo-Verbindung in Bordens Obhut fällt, bringt er ihren Fall zum FBI-Team - aber ihre Verbindungen zu einer terroristischen Organisation erweisen sich als gefährlich für sie alle. Unterdessen beginnt eine konfliktbehaftete Jane wieder in der Nähe von Weller zu wachsen, und die Freundschaft blüht zwischen Borden und Patterson.

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Das FBI ist gesperrt, wenn kriminelle Hacker das Gebäude infiltrieren und das Team im SIOC einsperren. Während sie sich ihren Weg nach draußen bahnen, zwingen die engen Bezirke Mayfair, Zapata, Reade und Sarah, persönliche Konflikte zu lösen.

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Nachdem ein verlassenes Baby mit einer Tätowierung gefunden wurde, die mit einer von Jane's identisch ist, rast das Team, um die Identität des Kindes zusammenzusetzen und Dutzende von Kindern zu retten. Eine wütende Jane konfrontiert Oscar mit dem Ergebnis seiner geheimen Missionen.

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Weller sucht nach der Wahrheit in einer herzzerreißenden und verwirrenden Behauptung. Jane wendet sich an einen ehemaligen Verdächtigen, um Hilfe bei Oscar zu erhalten. In der Zwischenzeit kämpft der Rest des Teams darum, einem Freund zu helfen.

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