Im Staffelauftakt muss das Team Überreste untersuchen, die in einer Klimaanlage gefunden wurden. Booth sucht Rat für seine Beziehung mit Brennan, nachdem Pelant einen Keil zwischen die beiden getrieben hat.

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Das Jeffersonian-Team untersucht den Mord an Adam Pak, dessen Überreste von Luchsen angefressen wurden. Um im Fall voranzukommen, schlüpfen Brennan und Booth erneut in ihre Undercover-Identitäten "Roxie" und "Tony"!

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Das Team des Jeffersonians untersucht den Mordfall an Jamie Delcampo, ein Mitglied der "Estrellas Locas"-Gang, dessen Überreste in einem ausgebrannten Auto gefunden wurden.

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Pelant ist zurück und das Team des Jeffersonians will sich ein für alle Mal aus seinen Klauen befreien. Um dies zu erreichen tüfteln sie einen Plan aus, bei dem eine Leiche als Köder für Pelant herhalten soll. Doch der Plan geht nach hinten...

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Das Team des Jeffersonians untersucht den Mord an Charlie McCord, einem Highschool-Rektor, der an Krebs litt und die Diagnosevideos seiner Untersuchungen auf einer Internetseite zum Kauf anbot.

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Das Jeffersonian-Team untersucht den Mord an Nancy Handelman, deren Leiche während der Hochzeitsvorbereitungen von Brennan (Emily Deschanel) und Booth (David Boreanaz) gefunden wurde. Als der Fall ernsthafter wird, als das Team gedacht hatte, setzen Cam (Tamara Taylor) und Angela (Michaela Conlin) alles Menschenmögliche in Bewegung, um die Details ihrer Ermittlungen vor Brennan geheimzuhalten, damit sie sich auf ihren großen Tag konzentrieren kann. Die Spannungen steigen jedoch, als einige unglückliche Ereignisse die Hochzeit aufschieben. Außerdem kommt Max (Ryan O'Neal) mit einer verdächtigen Tasche voller Geld zurück zurück in die Stadt.

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Auf ihrer Hochzeitsreise in Buenos Aires finden Brennan und Booth einfach keine Ruhe. Also entschließen sie sich dazu, Raphael Valenza zu helfen, einem örtlichen Ermittler und riesigen Anhänger von Brennans Büchern. Er ermittelt gerade im Fall des Mordes an einem Nazi-Kriegsverbrecher, dessen Überreste in einem historischen Massengrab entdeckt wurden. In Washington, D.C. haben Hodgins und Angela unterdessen große Schwierigkeiten damit, sich in der Abwesenheit von Brennan und Booth um Christine zu kümmern.

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In einem Biberdamm wird die Leiche von Sean Nolan entdeckt. Während Brennans Team die Überreste nach Hinweisen auf die Todesursache überprüft, versucht Booth mehr über das Opfer herauszufinden. Nolan arbeitete wenig erfolgreich als Model und verdiente sich deshalb als Samenspender etwas dazu. Laut Samenbank-Managerin Judith Lanfranco waren Seans Spenden dank seines Lebenslaufs sehr gefragt. Doch als herauskam, dass er viele falsche Angaben gemacht hatte, wurde er nicht nur von Judith gefeuert, sondern machte sich auch viele Eltern zu Feinden, die sich von ihm betrogen fühlten. Da die Spuren an der Leiche für einen Mord aus Leidenschaft sprechen, vermuten die Ermittler eine Frau hinter der Tat … .

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Brennan ist Geschworenen beim Prozess gegen den Profi-Fußballer Peter Kidman, der seine Frau ermordet haben soll. Obwohl alle Geschworenen ihn für schuldig halten, überzeugt Brennan sie letztlich davon, dass es dem Staatsanwalt nicht gelungen ist, eindeutige Beweise gegen Kidman vorzubringen, was sie zu einem Freispruch zwingt. Doch dann erfährt Bones, dass Booth während des Prozesses mit einem eigenen Mordfall betraut war. Das Opfer wurde ausgerechnet als der Zeuge im Kidman-Prozess identifiziert, dessen Nichterscheinen Kidmans Verurteilung verhindert hat. Bones glaubt fest, dass Kidman nicht nur seine Frau, sondern auch den Zeugen ermordet hat und setzt alles daran, ihm wenigstens diesen Mord zu beweisen …

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Das Team untersucht den Mord an dem Lebensmittelforscher Howard Compton, dessen Überreste im Essen einer Schulkantine entdeckt wurden. Die Ermittler befragen Howards Kollegin Agatha Blume, die ihn vor fünf Tagen als vermisst gemeldet hat. Sie glaubt, dass Howard einem Geheimnis auf der Spur war und deshalb ermordet wurde. Zu den Hauptverdächtigen zählen eine Frau, die wegen Howard um ihren Job bangte, ein Konkurrent, der ihm Droh-Mails schickte, und eine Aktivistin für chemiefreie Ernährung, die ihn stalkte. Während Brennan und Booth die Zahl der Verdächtigen einzugrenzen versuchen, plant Angela eine nachträgliche Junggesellinnenabschiedsparty für Brennan, die aber völlig aus dem Ruder läuft …

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Während Cam der Frau gegenübertritt, die ihre Identität gestohlen hat, wird das Team mit einem weiteren Mordfall betraut. Bei dem Opfer handelt es sich um die erfolgreiche Turnerin Amanda Watters. Die Suche nach der Todesursache ist aber schwierig, da die Überreste in einem Park abgelegt und dort vom Blitz getroffen wurden. Die Suche nach dem Täter führt zu Amandas Teamkollegin Ellie, die Amanda vor kurzem beim Training fallen ließ und sie so zu einer verletzungsbedingten Pause zwang, Doch dann stellt sich heraus, dass Amanda und ihre Freundin Rachel heimlich Drogen nahmen und darüber nachdachten, mit dem Sport aufzuhören. Wollte dies jemand mit Gewalt verhindern?

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Brennan quält noch immer Pelants Andeutung, es könnte noch ein gefährlicherer Serienkiller als er sein Unwesen treiben. Doch Booth glaubt, dass Pelant den „Phantommörder“ nur erfunden hat, um Bones zu beunruhigen. Er hofft, dass ihr neuer Fall Bones auf andere Gedanken bringt: Jemand hat menschliche Überreste an ihre Privatadresse geschickt mit der Aufforderung herauszufinden, was mit dem Opfer wirklich geschehen ist. Bei der Toten handelt es sich um Lana Brewster, die vor 18 Jahren angeblich bei einem Unfall starb. Brennan stellt fest, dass Lana in Wahrheit ermordet wurde. Doch es irritiert Booth sehr, dass sie meint, Hinweise dafür gefunden zu haben, dass Lana ein Opfer des „Phantommörders“ sein könnte …

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Booth, Bones und ihr Team untersuchen den Mord an dem jungen Country-Sänger Colin Haynes. Colin trat zwar regelmäßig in einer Bar auf und war bei einer Plattenfirma unter Vertrag, aber der Durchbruch ist ihm nie gelungen. Booth verdächtigt zuerst Colins Agentin Harriet White, die berüchtigt dafür ist, ihre Klienten schlecht zu behandeln. Einen Musiker hat sie bei einer Auseinandersetzung bereits schwer verletzt. Auch Colins Freundin Kara wird überprüft, da sie ihn vermutlich als letzte gesehen hat und dabei mit ihm gestritten hat. Doch die Ermittlung nimmt eine überraschende Wendung, als sich herausstellt, dass Colin auf den Philippinen offenbar berühmt war. Aber davon hatte er selbst erst kurz vor seinem Tod erfahren …

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Booth und Brennan untersuchen den Mord an dem genialen, aber offenbar extrem unbeliebten Schachmeister Albert Magnusson. Die Spuren am Tatort lenken den Verdacht zunächst auf Jarrick Henry, der schon einmal unter Mordverdacht stand, aber nicht überführt werden konnte. Doch als sich dessen Alibi als absolut wasserdicht erweist, geraten Alberts Ex-Frau Ingrid und die Schachspieler, mit denen er sich gemessen hatte, ins Visier der Ermittler. Um die Profi-Schachspieler unauffällig überprüfen zu können, geht Sweets undercover, der sich überraschend selbst als hervorragender Spieler entpuppt …

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Das Jeffersonian bekommt eine außergewöhnliche Lieferung. Ein Kubikmeter Erde, in dem eine Leiche vergraben wurde. Spuren von Lauge deuten darauf hin, dass der Mord von der Mafia durchgeführt wurde. Und da ein Zeh des Opfers fehlt, vermutet man eine Entführung. Bei der Leiche handelt es sich um die Tochter eines Software-Entwicklers, der hatte bereits mehrere Drohbriefe erhalten, wurde aber gewarnt, die Polizei einzuschalten. Eigenartig ist, dass Steven weiterhin Anweisungen der Entführer erhält, obwohl seine Tochter bereits tot ist. Booth findet heraus, dass es eine Entführungs- und Lösegeld-Versicherung für alle Mitglieder der Familie gibt. Eigenartigerweise auch für die Stiefmutter, Katherine. Booth hegt den starken Verdacht, dass die Entführung innerhalb der Familie angezettelt wurde, um an das Geld der Versicherung zu kommen. In der Zwischenzeit erfährt Hodgins, dass er einen Bruder hat, der aber schon in jungen Jahren in eine psychiatrische Anstalt eingewiesen wurde. Nachdem die Zahlungen ausbleiben, soll er verlegt werden. Brennan und Booth wollen Hodgins finanziell unterstützen, doch der sieht sich in der Verantwortung und will das Geld alleine aufbringen.

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Brennan und Booth untersuchen den Mord an der Afghanin Sari Nazeri. Sari erhielt vor einem Jahr mit ihrem Bruder Aziz in den USA Asyl, weil sie der CIA im Kampf gegen die Taliban geholfen hatte. Bei der Suche nach dem Mörder wird Booth daher von seinem alten Freund, dem CIA-Agenten Danny Beck, unterstützt. Obwohl der Mord eindeutig die Handschrift des Terroristen Ibrahim trägt, der schon in Afghanistan einen Anschlag auf Sari verübt hatte, bestreitet Danny diese Möglichkeit, weil Ibrahim von der CIA ausgeschaltet worden sei. Booth beginnt aber im Lauf der Ermittlung immer mehr an Danny zu zweifeln, weil er überzeugt ist, dass ihm sein Freund eine wichtige Information vorenthält …

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Ins Jeffersonian wird ein Klärtank geliefert, in dem eine Leiche entdeckt wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um einen Mann, der in dem Tank offenbar ertrunken ist. Aufgrund einer Tätowierung kann er schließlich als Benny Jerguson identifiziert werden, der wegen mehrfachen Autodiebstahls zwei Jahre im Gefängnis saß, aber vor kurzem entlassen wurde. Da er vorzeitig freikam, weil er gegen seinen Mithäftling Horatio Mancini ausgesagt hat, gerät dieser zunächst ins Visier der Ermittler. Doch Mancini beteuert seine Unschuld. Für weitere Komplikationen sorgt Rodolfo Fuentes, der von Cam als Brennans neuer Assistent eingestellt wurde und mit seiner offenen Art Brennan total irritiert …

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Brennans Team versucht die Identität einer Leiche zu ermitteln, die fast völlig von einer stark wuchernden Pflanze umschlungen ist. Trotzdem können sie das Opfer letztlich als Joe Starkel identifizieren, der ein beliebter Darsteller aus dem Kinderfernsehen war. Allerdings hatte er die Show, die ihn berühmt gemacht hat, kürzlich verlassen, um eine Solokarriere zu starten, die aber gefloppt ist. Da es daraufhin zu einem heftigen Streit mit seinem Produzenten kam, gilt dieser als ein Hauptverdächtiger. Zum Kreis der potentiellen Täter zählen aber auch Joes Bruder Ken, der herausgefunden hatte, dass seine Frau eine Affäre mit Joe hatte, sowie ein von Joe besessener weiblicher Fan, der ihm unzählige psychotische Tweets gepostet hat.

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Brennan ist zu einer Beerdigung eingeladen. Todd Mirga, ein junger, sehr wohlhabender Mann, wurde tot in seinem Panikraum aufgefunden. Während der Urnenbeisetzung kommt es zu einer handfesten Überraschung. Plötzlich taucht Todd Mirga auf, quicklebendig. Nur, wer befindet sich dann in der Urne? Die Überreste, die im Panikraum gefunden wurden, lagen dort sehr lange und konnten aufgrund der fortgeschrittenen Verwesung nicht eindeutig identifiziert werden. Da das Krematorium sehr schlampig gearbeitet hat, findet das Team des Jeffersonian diverse Knochenfragmente in der Asche. Mit Hilfe eines Zahns kann Brennan bestätigen, dass es sich bei dem Eingeäscherten um Daniel Barr handelt, einen engen Mitarbeiter von Todd. Neben menschlichen Knochen findet man auch noch Teile eines Narvals, der allerdings schon einige tausend Jahre tot ist. Offensichtlich wurde das Opfer mit einem seltenen Kunstgegenstand erschlagen.

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Ein entflohener Häftling wird von den Vollzugsbeamten durch die Wälder gejagt. Versteckt hinter einem alten Baumstamm macht er einen grausamen Fund. In dem ausgehöhlten Stamm befindet sich eine stark verweste Leiche. Da sich die Termiten Monate lang über die Knochen hergemacht haben, ist es für Angela fast unmöglich, eine Gesichtsrekonstruktion durchzuführen. Erst mit Hilfe eines überdimensionalen 3D-Scanners ist die Identität des Opfers schnell geklärt. Es handelt sich um die junge Abby Briggs, die offensichtlich an einer schweren Hauttuberkulose litt. Um ihre Schmerzen zu lindern, hat sie medizinisches Cannabis genommen. Beim Thema Cannabis versteht Booth allerdings keinen Spaß. Für ihn ist das eine illegale Droge, auch wenn sie zu medizinischen Zwecken eingenommen wird. Doch Booth bekommt starke Gewissensbisse, da auch Wendell, der an Krebs erkrankt ist und eine Chemotherapie durchläuft, medizinisches Cannabis gegen die Nebenwirkungen der Therapie verordnet bekommen hat. Wendell weiß, was es bedeutet, öffentlich kundzutun, dass er Marihuana nimmt. Cam bleibt nichts anderes übrig, als ihn zu entlassen, denn Beweismittel, die von ihm entdeckt werden, würden vor Gericht nicht anerkannt werden. So kümmert sich das Team des Jeffersonian wieder um die Lösung des Mordfalls. Offensichtlich hat Abby eine Marihuana-Pflanze gezüchtet, die zwar eine ausgeprägte medizinische Wirkung hat, deren Rauschpotenzial aber sehr gering ist. Sofort gerät der Arzt, der die Apotheke betreibt, in der es medizinisches Marihuana zu kaufen gibt, in den Verdacht, Abby getötet zu haben. Würde sie eine Alternativ-Droge anbieten können, wäre sein Geschäft ruiniert. Booth hat es wirklich schwer, denn zu allem Übel steht auch noch seine jährliche Überprüfung durch das FBI bevor. Sein Anspruch ist sehr hoch. Er will auch diesmal nicht unter 90 Prozent liegen. Sweets soll ihm bei dem psychologischen Test etwas Hilfestellung geben

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Ein neuer Fall wird ins Jeffersonian geliefert: Es ist die Leiche einer Frau, die in einem Sumpf in einem Neubaugebiet gefunden wurde. Das Opfer scheint vor seinem Tod eingefroren worden zu sein. Das Opfer, Madeline, hat sich vor einiger Zeit von ihrem Mann getrennt. Sie waren unterschiedlicher Meinung darüber, wie sie ihre todkranke Tochter behandeln lassen sollen. Madeline hat ihre Tochter, nachdem die Kleine gestorben ist, in ein Labor gegeben, das Tote einfriert, um sie in einigen Jahren wiederzubeleben. Offensichtlich hatte Madeline zu dem Betreiber der Einrichtung ein sehr enges Verhältnis. Booth hat derweil andere Probleme. Sein Vorgesetzter will, dass er Fallakten von anderen Agenten überprüft. Sweets kennt den Grund. Booth soll nach Deutschland versetzt werden. Brennan findet die Idee ganz wunderbar und sichert ihm volle Unterstützung zu. Stress gibt es auf einer anderen Baustelle. Arastoos Eltern sind in der Stadt. Und er will die Gelegenheit nutzen, ihnen Cam vorzustellen. Doch das erste Abendessen wird ein Desaster.

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Bei der aktuellen Leiche scheint es sich um eine weitere Tat des Phantommörders zu handeln. Da Brennan emotional zu sehr involviert ist, wird Clark gebeten, die Untersuchung zu leiten. Doch Brennan schafft es, Cam davon zu überzeugen, dass ihr Fachwissen zu wertvoll ist, um sie aus dem Fall rauszuhalten. Bei der Toten handelt es sich um Stephanie McNamara, die Schwester des vor einiger Zeit durch Selbstmord ums Leben gekommenen Trent McNamara. Die McNamaras sind eine wohlhabende Familie. Hodgins war früher gut mit ihnen befreundet. Der seit längerem verstorbene Gil McNamara scheint sowohl eine Gerichtsmedizinerin als auch einen FBI-Mitarbeiter bestochen zu haben, damit illegale Handlungen der McNamaras strafrechtlich nicht verfolgt werden. Doch offensichtlich gibt es da jemanden, der sich an den McNamaras rächen will. Zu dem engeren Kreis der Verdächtigen zählt nicht nur die langjährige Gärtnerin der McNamaras, die, wie sich rausstellt, eine Halbschwester von Stephanie McNamara ist, sondern auch ein ehemaliger Lehrer von Stephanie, der wegen Vergewaltigung und Mord jahrelang vermutlich zu Unrecht im Gefängnis saß.

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Booth steht kurz vor der Versetzung, doch vorher wird ihn ein Ausschuss prüfen. Da er sich ordentlich vorbereiten will, soll Sweets die Leitung des nächsten Falls übernehmen. Diesmal geht es um eine Leiche, die in einem Brunnen gefunden wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um Brian Thomas, dem Chef-Schwimmtrainer des Knox Community College in Maryland. Thomas galt als beliebter Lehrer und Kollege. Mit Hilfe seiner Kreditkarten-Abrechnung erfährt das Jeffersonian-Team, dass sich Brian Thomas jeden Freitag in demselben Restaurant aufgehalten hat. Doch dort erkennt ihn niemand. Doch nebenan im Madame’s Apple, einem Travestie-Club, ist Brian Thomas sehr wohl bekannt. Unter dem Namen Jenny trat er jeden Freitag in dem kleinen Club auf. Hauptverdächtiger ist die Travestie-Künstlerin Kimmy, die in Brian Thomas eine starke Konkurrenz sah. Brennan steht vor einigen schwierigen Aufgaben. Nicht nur, dass sie jetzt mit Sweets als Partner vorlieb nehmen muss, ihr wurde auch eine neue Assistentin zur Seite gestellt. Miss Warren hat außergewöhnliche Talente und Fähigkeiten, doch verlässt sie sich hauptsächlich auf ihr Bauchgefühl, was im Jeffersonian nicht ganz so gut ankommt. Sweets allerdings scheint Gefallen an der Neuen zu finden.

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Booth bekommt einen mysteriösen Telefonanruf über sein Handy, das eigentlich eine Geheimnummer hat. Jemand möchte sich dringend mit ihm treffen. Als Booth zu dem Treffpunkt kommt, ist er nicht allein. Die Feuerwehr und die Mitarbeiter des Jeffersonian sind schon vor Ort. Der Mann, der wichtige Informationen für Booth hatte, ist offensichtlich explodiert. Langsam wittert nicht nur Hodgins eine Verschwörung hinter dem ganzen McNamara-Fall. Am Tatort lassen sich keinerlei Spuren finden, die auf ein gewaltsames Verbrechen hindeuten. Dennoch sind sich die Forensiker des Jeffersonian sicher, dass der Mann ermordet wurde. Hodgins findet am Tatort die Brustwarze des Opfers und einen daran befestigten Brustwarzen-Ring. Bei näherer Betrachtung erkennt er, dass es sich um einen Speicherchip handelt. Angela versucht, die Daten zu rekonstruieren, doch der Chip ist stark beschädigt. Die Daten, die sie dennoch retten kann, zeigen hochbrisantes Material.

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