Hibino Kafka hat sich sein Leben anders vorgestellt. Ursprünglich wollte er dem Verteidigungskorps beitreten und dabei helfen, die Kaijūs allesamt auszulöschen. Stattdessen arbeitet er für eine Kaijū-Beseitigungsfirma, die die Kampfschauplätze von den Überresten der Kaijūs säubert. Sein Leben ändert sich, als er einen neuen Kollegen bekommt.

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Kafka und Reno fliehen aus dem Krankenhaus, nachdem Kafka in seiner Kaijū-Gestalt entdeckt wurde. Die 3. Einheit vom Verteidigungskorps ist bereits auf dem Weg, um ihn zu eliminieren. Doch dann erscheint plötzlich ein anderes Kaijū.

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Kafka hat sich entschieden, noch einen letzten Versuch zu wagen, um es in das Verteidigungskorps zu schaffen. Gemeinsam mit Reno begibt er sich zum Stützpunkt Tachikawa, wo die zweite Runde des Auswahlverfahrens stattfindet. Auf dem Parkplatz machen die beiden Bekanntschaft mit Shinomiya Kikoru.

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Der letzte Test des Auswahlverfahrens vom Verteidigungskorps ist im vollen Gange. Obwohl sich Kafka das Bein gebrochen hat, will er nicht aufgeben und bis zum Ende durchhalten. Reno gibt ihm Rückendeckung. Gemeinsam setzen sie den Kampf gegen die Kaijūs fort.

Nach ihrem letzten Test für das Verteidigungskorps warten Reno und Kafka auf das Schreiben von der Eliminierungsbehörde. Als es dann eintrifft, finden sie heraus, ob sie es in das Korps geschafft haben oder nicht.

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Kafkas erste Mission beginnt. Ein Haupt-Kaijū ist in Sagamihara erschienen. Die Aufgabe von Kafka und den anderen besteht darin, die Begleit-Kaijūs auszuschalten.

Reno und Iharu stoßen auf ein humanoides Kaijū und es kommt zum Kampf. Wie sich herausstellt, ist es das Kaijū, das auch bei der Prüfung damals erschienen ist.

Kaijū Nr. 8 wird von Vizekommandant Hoshina entdeckt. Der Vizekommandant setzt seine gewaltige Kampfkraft frei, um seinen Gegner schnell zur Strecke zu bringen. Kafka versucht es zu vermeiden, ihn schwer zu verletzen.

Kaijū Nr. 10 beginnt seinen Angriff auf den Stützpunkt. Er hat viele Flugsaurier-Kaijūs im Schlepptau, die den Korps-Mitgliedern den Kampf erschweren. Kafka kennt jedoch ihre Schwachstelle.

Vizekommandant Hoshina setzt seinen Kampf gegen das enorm starke Kaijū Nr. 10 fort. Alles scheint ausweglos zu sein, aber dann wird ein Funken Hoffnung entfacht.

Die Katze ist aus dem Sack. Das Verteidigungskorps kennt nun Kafkas Geheimnis. Er soll zum Hauptquartier überstellt werden, aber für Kafka selbst ist ungewiss, was ihn dort erwartet.

Kafka verliert die Kontrolle über seinen Körper und das Kaijū in ihm ist drauf und dran, den Generaldirektor zu töten. Mit aller Kraft versucht Kafka das zu verhindern. Als er sich dann an seine Vergangenheit erinnert, geschieht ein Wunder.