Die neutrale Kolonie Heliopolis wird von den ZAFT-Kräften angegriffen, was einen noch viel größeren Konflikt ausartet, in den der Junge Kira und seine Freunde ungewollt hineingezogen werden.

Die Jugendlichen haben ein streng gehütetes Militärgeheimnis gesehen, weshalb sie nun nicht mehr so leicht davonkommen.

Die Kinder sind gezwungen, auf der Archangel zu verweilen. Und Kira wird erneut auf die Probe gestellt.

Heliopolis liegt in Trümmern und die Archangel wird erneut angegriffen. Die Kinder entschließen, nicht nur Kira kämpfen zu lassen.

Es sieht nicht gut für Kira aus, der von den Feinden gefangen genommen wird. Können seine Kameraden noch etwas ausrichten und ihn aus den Klauen des Feindes befreien?

Das Schiff kann sich aufs Mond-Hauptquartier retten, das als undurchdringbare Festung gilt. Doch während sie von der Besatzung unter Verdacht stehen, hat auch der Feind einen Plan ausgeheckt.

Die Crew konnte vom Mond-Hauptquartier fliehen und entdeckt eine Möglichkeit, ihre Vorräte aufzustocken. Doch erneut werden sie erfolgt und Kira zum Kampf gezwungen. Doch genau dann macht er eine überraschende Entdeckung.

Es stellt sich heraus, dass die Archangel Lacus Clyne mit an Bord genommen hat, die ebenfalls ein Coordiantor ist. Zudem erhält das Schiff eine Nachricht eines Verbündeten.

Die helfende Vorhut wird angegriffen und die Archangel benutzt Lacus als Geisel, um den Angriff des Feindes abzuwehren.

Kira will nicht zulassen, dass Lacus als Geisel gehalten wird. So entschließt er, sie seinem alten Freund Athrun zu bringen, und stellt dem Feind ein Ultimatum.

Die Feinde wollen auf keinen Fall zulassen, dass die Archangel auf die verbündete Flotte trifft. Obwohl ihnen kaum Zeit bleibt, wagen sie einen Überraschungsangriff. Gleichzeitig beginnt sich in Kira und Flay etwas zu verändern.

Endlich dürfen die Jugendlichen von Bord gehen! Doch es entstehen Zweifel, ob das wirklich das Richtige ist.

Flay hat entschlossen, auf der Archangel zu bleiben. Auch die anderen Jugendlichen wollen die Crew weiterhin unterstützen. Aber was ist mit Kira?

Das letzte Gefecht hat Kira so stark zugesetzt, dass er mit Fieber auf der Krankenstation liegt. Derzeit heckt Flay einen Plan aus, der Kira an seine Grenzen bringen soll.

Die Archangel rettet Kira, als sie in die Erdatmosphäre eintreten. Infolgedessen landen sie in einem von der ZAFT kontrollierten Gebiet in der Sahara in Nordafrika, weit entfernt von ihrem eigentlichen Ziel, Alaska. Flay beginnt, sich um Kira zu kümmern und tröstet ihn, als er von den Erinnerungen an das Raumschiff gequält wird, das in der letzten Schlacht zerstört wurde.

Nach erneuten Gefechten landet die Crew in der Wüste. Und ihnen bleibt auch diesmal keine lange Verschnaufpause.

Unter den Widerstandskämpfern, die die Archangel unterstützen, befindet sich zu Kiras Überraschung auch Cagalli, das Mädchen, dem er auf Heliopolis geholfen hat. Aber diese versteht nicht, warum er sich auf die Seite der Erdallianz geschlagen hat.

Nachdem der Wüstentiger die Stadt der Widerstandskämpfer niedergebrannt hat, schwören die Männer Rache. Die Archangel will diese aber nicht in ihr Verderben rennen lassen und schickt ihnen Kira zur Hilfe, der sich mit dem Wüstentiger konfrontiert sieht.

Der Kapitän der Archangel beschließt, Kira mit Cagalli als ihr Bodyguard einkaufen zu schicken, nachdem sie bemerkt, dass es diesem nicht gut geht. Dort treffen die beiden ausgerechnet auf den Wüstentiger.

Die Jugendlichen der ZAFT können endlich etwas freie Zeit genießen. Athrun nutzt die Gelegenheit, seine Verlobte Lacus zu besuchen. Und während sie ihre freie Zeit genießen, wartet die ZAFT auf die Erlaubnis zur Vollstreckung ihres neuen Plans.

Yzak und Dearka werden der Lesseps zugewiesen, welche wenig später einen Kampf mit der Archangel ausfechtet. Für Kira und den Wüstentiger geht es hierbei um Leben und Tod.

Die Archangel bahnt sich weiter ihren Weg nach Alaska. Hierfür überqueren sie das Rote Meer und treffen auf unerwarteten Widerstand.

Die Archangel kämpft erneut gegen das feindliche U-Boot. Cagalli besteht darauf, am Gefecht teilzunehmen. Als sie die Orientierung verliert, schießt sie das ZAFT-Schiff ab, auf dem sich ausgerechnet Athrun befindet.

Cagalli und Athrun sind auf einer verlassenen Insel gestrandet und müssen sich miteinander arrangieren.

Ein Kampf zwischen der Archangel und Athrun und seiner Crew beginnt. Die Archangel droht, zerstört zu werden. Und da sie sich der Grenze zu Orb nähern, drohen auch diese mit dem Abschuss der beiden Parteien.

Eine Zusammenfassung der ersten 25 Episoden

Orb beschäftigt sich mit den Reparaturarbeiten an der Archangel und dem Strike. Doch sie wollen etwas ganz Bestimmtes von der Archangel: nämlich Kira als Techniker für ihre Mobile Suits.

Die Crew darf ihre Familie sehen. Nur Kira bleibt dem Treffen fern und arbeitet, was Flay als Mitleid für sie interpretiert. Und letzten Endes trifft Kira auf eine unerwartete Person ...

Wieder stehen sich Kira und Athrun gegenüber, bis es zu einem Opfer kommt, das auf beiden schwer lastet.

An Kira nagt es sehr, dass er Nicol getötet hat. Und in Athrun steigt der Hass auf Kira, dem er in einem erbitterten Kampf um Leben und Tod gegenübersteht.

Kira und Tolle werden für tot erklärt. Cagalli will aber die Hoffnung nicht aufgeben und sucht am Strand nach Kira. Doch dort findet sie jemand anderen ...

Kira erwacht in Lacus' Garten und Miriallia verliert die Nerven, als sie dem gefangenen ZAFT-Soldaten im Krankenzimmer begenet.

Während Kira nicht weiterweiß, hält die Archangel weiterhin Dearka als Gefangenen.

Flay, Mu und Natarle sollen von der Archangel verlegt werden. Mu hat den Verdacht, dass etwas nicht stimmt, als die JOSH-A-Basis in Alaska evakuiert wird. Flay wird von Rau Le Creuset gefangen genommen. Lacus und ihr Vater vertrauen Kira die ZGMF-X10A Freedom an, die mit der Neutron Jammer Canceller-Technologie ausgestattet ist.

Die Archangel bemerkt, dass sie lediglich als Ködern dienen und sie keine Hilfe von der Erdallianz erwarten können. Werden sie mit der Basis untergehen?

Während Kira sich immer mehr bewusst wird, was zu tun ist, zögert Athrun, der so langsam gar nicht mehr weiß, wem er noch glauben kann ...

Die Archangel findet Unterschlupf in Orb. Und während die Crew sich erst klar werden muss, wofür sie diese Uniform tragen, startet die ZAFT einen Angriff auf Panama.

Die Erdallianz startet ihren Angriff auf Orb. Und während einige das Schiff verlassen haben, treten unerwartete Verbündete auf der Bildfläche auf.

Zur großen Überraschung aller hilft Athrun Kira im Kampf gegen die Erdallianz. Doch was sind seine Beweggründe?

Dearka und Athrun sind sich einig: Sie wollen die Archangel unterstützen. Doch gegen die Erdallianz haben sie keinerlei Chance, weshalb Lord Uzumi eine folgenschwere Entscheidung trifft.

Cagalli ist völlig durcheinander. Nach dem Verlust ihres Vaters rätselt sie über das Foto, das sie von ihm bekommen hat. Sind sie und Kira etwa Geschwister?

Während Athrun seinen Vater konfrontiert, leistet auch Lacus ihren Dienst. Mit der entwendeten Eternal beginnt sie ihr Vorhaben.

Die Archangel steht ausgerechnet Natarle entgegen. Und als wäre das noch nicht genug, hat auch der Vorsitzende von Blue Cosmos seine Finger im Spiel.

Dearka trifft auf Yzak, während Le Creuset Kira und Mu an einen Ort lockt.

Le Creuset klärt Kira über seine Vergangenheit auf, was ihn fassungslos zurücklässt.

Dearka und Yzak treffen aufeinander. Und die Archangel erhält ein Notsignal von Flay, die einen angeblichen "Schlüssel" bei sich trägt.

Die ZAFT will einen Nuklearangriff auf die PLANTs starten.

Zalas Angriff auf die PLANTs zwingt die Erdallianz zum Rückzug ... Doch der Anführer von Blue Cosmos will das nicht auf sich sitzen lassen.

Natarle wird von Azrael bedroht, der ebenfalls einen Atomangriff starten will, verhilft Flay und den anderen aber zur Flucht.

Die Eternal, Kusanagi und Archangel wollen verhindern, dass beide Seiten weiterhin Atomwaffen einsetzen. Und Flay gerät ins Gefecht zwischen Kira und Le Creuset ...