Als Amadeus wegen seines ungebändigten Verhaltens vom Salzburger Hof entlassen wird, steht seiner Schwester Maria Anna ein grausames Schicksal bevor: eine arrangierte Heiratsverbindung. Die Geschwister fliehen heimlich nach Wien, um ihr gemeinsames Verderben abzuwenden und hoffen, Amadeus eine neue Anstellung am Hof von Kaiser Joseph II. zu ermöglichen. In Wien erliegt Amadeus dem Charme der talentierten Schneiderin Constanze. Maria Anna begegnet Antonio Salieri. Die königliche Marie Antoinette von Frankreich, die eine Vorliebe für Pomp hat, überrascht ihren Bruder mit einem opulenten Geburtstagskonzert. Am Abend des großen Auftritts entdeckt Maria Anna ihren Bruder bewusstlos und muss reagieren.

Maria Annas Performance ist ein großer Erfolg! Der Kaiser gibt Mozart den Auftrag, eine Volksoper zu komponieren; dies missfällt Marie Antoinette sehr. Die fürchtet, dass die Monarchie und ihr eigener Einfluss schwinden. Die Geschwister Mozart sind zwar euphorisch, doch diese Euphorie hält nicht lange an: Constanzes Mutter kennt die Affäre und setzt sie aus ihrer Pension ab. Das Trio kommt bei einer Gruppe Straßenmusiker unter. Maria Anna muss sich nach einem Streit mit Amadeus allein um den kaiserlichen Auftrag kümmern. Salieri ist verzweifelt um den Erhalt seiner Position bemüht: Er plant, Maria Anna mit Bestechung dazu zu bringen, Amadeus zum Rücktritt zu bewegen.

Constanze wurde beim Duell versehentlich angeschossen. Amadeus wird verhaftet, nachdem er sich liebevoll um sie gekümmert hat. Als der Kaiser von dem Grund für das Duell erfährt, lässt er einen Arienwettbewerb ausrufen, um zu bestimmen, wer die Volksoper komponieren soll. Marie Antoinette versucht am Hof, Amadeus zu verführen, doch dieser entkommt in letzter Sekunde. Der Druck wird für ihn zu einer Überforderung, und er versinkt immer mehr in seiner Abhängigkeit. Sein Vater Leopold, der nach seinen Kindern gesucht hat, sorgt für seine Einweisung in ein Sanatorium. Maria Anna nimmt am geheimen Maskenball der Königin teil. Dort fliegen die Funken zwischen ihr und Salieri.

Maria Anna gelingt es nur mit Mühe, nicht enttarnt zu werden – doch dann wird sie von der Königin in die Enge getrieben, die sie für Amadeus hält und den sie verführen will. Maria Anna gewinnt Zeit, indem sie ein bezauberndes Klavierstück spielt, bis schließlich der Kaiser eingreift und seine Schwester aus dem Hof verbannt. Die Königin, in ihrer Verzweiflung, legt den tatsächlichen Anlass für ihre Rückkehr offen: Ihr Ehemann, König Ludwig XVI., verlangt nach Jahren ohne Kinder von einem Mann seiner Wahl, dass er einen Erben zeugt. Salieri muss mit den Mozarts zusammenarbeiten. Die Spannungen zwischen ihm und Maria Anna wachsen – was zu einem leidenschaftlichen Kuss führt.

König Ludwig XVI. reist nach Wien, um Marie Antoinette zu holen. Sie nimmt entschlossen ihr Schicksal in die eigenen Hände, verführt Amadeus und lädt ihn ein, an ihren französischen Hof zu kommen. Nachdem er ihre Avancen abgelehnt hat, spricht die Königin Salieri an und schlägt ihm einen Pakt vor. Maria Anna wird von Leopold und Constanze unterstützt, um die Oper zu leiten – diese Information erhält Amadeus. Er fühlt sich verraten und übernimmt die Proben, die in einem Desaster enden. Der Kaiser sagt die Premiere ab und entzieht die Mozarts seiner Hofgesellschaft. Maria Anna bleibt nichts anderes übrig, als sich auf die Heiratsarrangement ihres Vaters einzulassen. Sie flieht mit gebrochenem Herzen ein letztes Mal zu Salieri.

Voller Bedauern und allein weist Amadeus die Königin zurück und bittet Constanze um Verzeihung. Er gelobt, Maria Anna zurückzubringen. Marie Antoinette nimmt Abschied von Wien. Ihr Verlobter, Freiherr zu Sonnenburg, erkennt Maria Annas Talent an und stimmt zu, die Verlobung aufzulösen. Maria Anna und Amadeus lösen sich aus Leopolds Kontrolle und geloben, einander erneut zu vertrauen. Die Geschwister Mozart stellen ein Orchester aus Straßenkünstlern zusammen, um eine echte Volksoper zu kreieren. Salieri wird von Schuldgefühlen geplagt, da er seine große Liebe sabotiert hat. Er trifft Maria Anna und gibt ihr sein Wort, alles zu gestehen, wenn er damit ihr Herz gewinnen kann.