Academy City wird vorwiegend von übernatürlich begabten Kindern bewohnt. Als Mikoto einen Banküberfall vereitelt, ist die Stadtverwaltung mächtig beeindruckt.

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Kuroko verliebt sich allmählich in Mikoto. Da Letztere bei den anderen Mädchen in der neuen Schule immer beliebter wird, sind Konflikte vorprogrammiert.

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Als Ruiko bei einem Ausflug mit Wasser bespritzt wird, leiht sie sich eine Uniform der Tokiwadai-Privatschule und wird so zum Ziel eines Taser-Angriffs.

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Mikoto spricht mit ihren Freunden über Großstadtmythen. Plötzlich werden einige von ihnen Wirklichkeit und beziehen auch ihren guten Freund Tōma mit ein.

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Nachdem durch ihre Impulsivität Kazari verletzt wird, als diese einen Autodiebstahl verhindern will, spricht Kuroko mit Mikoto und erinnert sich an ein Versprechen.

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Die Hilfspolizei Judgment beginnt die Jagd nach einer abtrünnigen Esper, die Aluminium explodieren lassen kann. Mikoto ist von der Arbeit für Judgment wenig begeistert.

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Inmitten andauernder Graviton-Angriffe entdecken Kuroko und Mii, dass Judgment-Mitglieder die eigentlichen Ziele sind. Kazari ist die Nächste auf der Liste.

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Es gibt Hinweise auf einen legendären Level Upper, der Esper-Kräfte steigern kann. Miko will der Wahrheit auf den Grund gehen – mit explosiven Folgen.

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Ruiko ist noch immer eine Level-0-Esper, besitzt jedoch insgeheim einen Level Upper und will einen Angriff stoppen. Kuroko kann gerade noch eine Katastrophe verhindern.

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Während Kuroko Level-Upper-Nutzer aufspürt, fällt Ruiko nach dem Einsatz des ihren in ein Koma, was überraschende Entdeckungen zur Folge hat.

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Während Mikoto gegen Harumi kämpft, die die Kontrolle über das Level-Upper-Netzwerk nicht aufgeben will, erhält sie Einblicke, weshalb diese es ins Leben gerufen hat.

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Mikotos Versuche, das aus Harumis Kopf ausgetretene Wesen aufzuhalten, machen es nur noch stärker. Das unkontrollierte Level-Upper-Netzwerk peinigt seine Nutzer.

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Kinuho, Maaya, Mikoto und einige andere Mädchen modeln in einem Fotostudio für Bademode. Doch plötzlich verhält sich die holografische Kulisse völlig unberechenbar.

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Ruiko bietet einen neuen Kurs für ehemalige Level-Upper-Nutzer an, um ihnen zu zeigen, dass sie ihr wahres Potenzial allein durch die Realität verwirklichen können.

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Mitsuko wird von einer Anti-Esper-Gang angegriffen. Mikoto und Kuroko kommen der Gruppe und der Identität eines Mannes auf die Schliche, der Mitsuko zu Hilfe geeilt ist.

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Nach dem Angriff durch die Anti-Esper-Gang verschärft Anti-Skills die Jagd nach den Schuldigen. Mii enthüllt ihre Vergangenheit mit Kurozuma, dem rätselhaften Anführer.

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Tsuzuri hat genug von ihrem Job als Hausarrest-Vollstreckerin. Als sie eines Tages Kounoe kennenlernt, bieten sie einander die dringend nötige Inspiration.

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Kuroko und Mikoto folgen der Wohnheimsaufseherin an deren freiem Tag. Anstelle von belastenden Beweisen erhalten sie Einblicke in ihre sanftere, romantische Seite.

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Mikoto begleitet Ruiko und Kazari, ihre Gäste beim Mittsommer-Festival. Jedoch macht sie sich Sorgen um ihren heiß ersehnten Geigenauftritt.

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Kazari heißt mit Erii eine neue Mitbewohnerin willkommen. Der Campus wird indes von einem rätselhaften und möglicherweise gefährlichen Poltergeist im Atem gehalten.

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Die Poltergeist-Angriffe gehen weiter. Mikoto und Kuroko haben Erii im Verdacht, deren tranceartige Zustände jedoch mit einem tragischen Verlust zusammenhängen.

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Um die Poltergeist-Aktivitäten aufzuklären, die Academy City inzwischen endgültig zu zerstören drohen, entlässt Heaven Canceller Harumi aus dem Gewahrsam.

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Therestinas Identität wird enthüllt, doch Mitsuko hält Miko davon ab, sie allein zu bekämpfen. Stattdessen versuchen sie mit Freunden, Therestinas Opfer zu befreien.

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Die Esper trotzen einem Hinterhalt und wollen Therestina unbedingt davon abhalten, Eriis Esper-Kräfte auf Level 6 zu erhöhen und Academy City zu zerstören.

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Special beach episode that was bundled with the official visual book.

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Continuing after the Level Upper incident, another phenomenon torments Misaka. A phenomenon called "Someone's Watching," its effect feels like the electricity in one's body flow backwards. With the help of her friends, Misaka fights against the unknown enemy.

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