Nachdem Michael Westen den Schwerverbrecher Simon Escher bei seiner letzten Aktion hinter Gitter gebracht und dem Chef des Managements das Leben gerettet hat, genießt er nun das volle Vertrauen des FBIs. Er lernt Vaughn kennen, der dafür verantwortlich ist, dass Michael kaltgestellt wurde. Dieser überreicht ihm eine Geheimdienstakte und bittet ihn, zukünftig mit dem FBI und dem Geheimdienst zusammenzuarbeiten. Denn einen aktuellen Fall können sie nur mit Michaels Hilfe lösen: Simon Eschers damalige Flucht war kein Zufall, sondern der Coup eines schwerreichen, skrupellosen Auftraggebers, der unter anderem auch für mehrere Attentate, Kleinkriege und Erntevernichtungen weltweit verantwortlich gemacht wird. Allerdings scheint es schier unmöglich, an irgendwelche Informationen über ihn zu gelangen. Eine erste Spur führt Vaughn und Michael jedoch zunächst in den Dschungel, wo einst der Waffenlieferant Gregory Hart Zuflucht vor den Gesetzeshütern gesucht hat. Doch dieser muss die beiden enttäuschen, denn sein Auftraggeber hält sich auch vor ihm bedeckt und wickelt die Geschäfte mit Hart einzig über ein Schweizer Nummernkonto und eine anonyme E-Mail-Adresse ab. Der plötzliche Angriff einer unbemannten Drohne, bei dem Hart getötet wird, beendet ihr Gespräch und die beiden Männer bringen sich in letzter Sekunde in Sicherheit. Doch dieser Angriff scheint harmlos, angesichts dessen, was Michael in Verbindung mit diesem Fall noch bevorsteht. Zurück in Miami erwartet Michael jedoch zunächst ein Wiedersehen mit Fiona und Sam, doch diese haben keine Zeit für ein großes Willkommen: Sie sind damit beschäftigt, einen Anwalt namens Winston vor der Biker-Gang „Breakers“ zu schützen, der von der härtesten Rockergang Miamis zum „Freiwild“ erklärt wurde. Damit nicht genug, ist Michael nach seinem wochenlangen Verschwinden auch noch jemand anderem eine Erklärung schuldig – seiner Mutter Madeline.

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Michael arbeitet von nun an mit Vaughn zusammen und hofft, dadurch irgendwann wieder ganz offiziell als CIA-Agent agieren zu können. Doch auf der Suche nach den Verantwortlichen für die Freilassung des Schwerverbrechers Simon Escher, hat Michael zuletzt versehentlich den CIA-Counterspion Jesse Porter kaltgestellt – so wie es ihm damals ebenfalls passiert ist. Während Vaughn Jesse kurzerhand schnappen und in ein Geheimgefängnis stecken will, um ihn loszuwerden, macht Michael seinem neuen „Kollegen“ seine Arbeitsbedingungen klar: Er arbeitet mit seinen eigenen Methoden und was er vermasselt hat, möchte Michael auch wieder gut machen. Gemeinsam mit Sam und Fiona hört Michael ein Telefongespräch von Jesse ab, in dem dieser ein Treffen mit seinem Kontaktmann plant. Am Treffpunkt angekommen ist jedoch schnell klar, dass Jesse in eine Falle gelockt wurde und Sam, Fiona und Michael nicht die einzigen sind, die etwas von Jesse wollen. In letzter Sekunde gelingt es ihnen, den Exspion aus der misslichen Lage zu befreien. Kurze Zeit später taucht dieser überraschend bei Michael auf und bittet ihn um Hilfe: Der chinesische Geschäftsmann Khan und sein Gefolge sind der Überzeugung, dass Jesse ihnen vor einiger Zeit mehrere Millionen Dollar gestohlen hat – ein Missverständnis, doch die chinesische Mafia lässt nicht mit sich reden. Kurzerhand tarnt Michael sich als Geschäftsmann, um Khan einen Waffendeal vorzuschlagen. Im Gegenzug dafür verspricht er ihm, Jesse und das Geld auszuliefern. Allerdings kämpft der Counter-Spion ebenfalls gerne mit seinen eigenen Mitteln und bringt Michael und Sam damit in eine missliche Lage. Und nicht nur das: Jesse möchte so schnell wie möglich herausfinden, wer ihn kaltgestellt hat und seinen Verräter umbringen. Schwebt Michael nun in Lebensgefahr?

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Der „Neue“ im Team, Jesse Porter, ist stinksauer: Er wurde kaltgestellt und schwört blutige Rache. Er ahnt jedoch nicht, dass ausgerechnet Michael Schuld an seiner Misere ist. Während dieser also jederzeit Jesses Rache fürchten muss, stellt Jesse seinen neuen Kollegen einen Fall vor, an dem er nun schon seit einiger Zeit arbeitet: Jesse verfolgt eine Spur, die zum Waffenhandel im großen Stil in den Hafen von Miami führt. Die Ware kommt meist mit Schiffen aus Algerien an und nachdem ein Treffen mit einem der Waffenschieber namens Cobra vor geraumer Zeit geplatzt ist, muss nun ein neuer Plan her. Um an Informationen zu gelangen, bewachen Michael und Fiona die Docks, während Jesse sich unter den Hafenmitarbeitern umhört. Während Michael versucht, jegliches Aufsehen zu vermeiden, ist Jesse da anderer Meinung: Als er sieht wie eine Gruppe Männer auf einen Einzelnen einprügelt, geht er beherzt dazwischen. Bei dem Opfer handelt es sich um den Sicherheitsmann Hank, der berichtet, dass die Mafia ihn und seine Hafenkollegen zwingt, Dinge aus den Containern zu stehlen. Michael ist genervt: Nicht nur, dass Fiona offensichtlich Gefallen an dem hitzigen Jesse gefunden hat, nun verschwenden sie ihre Zeit auch noch damit, der Mafia auf die Schliche zu kommen, anstatt sich um den Waffenschmuggel zu kümmern. Doch im Gegenzug verspricht Hank ihnen, die Frachtpapiere zu übergeben, mit Hilfe derer sie herausfinden können, welche Schiffe aus Algerien kommen. Da Jesse am Hafen nunmehr kein Unbekannter ist, nimmt Michael kurzerhand die Identität eines ehemaligen FBI-Agenten an, um eine Wanze bei Mafia-Boss Tony Carrow zu platzieren. Allerdings fliegt Michael auf und da er nun auch bekannt ist, ist Sams voller Einsatz gefragt.

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Michael und sein Team sind immer noch auf den Spuren des Waffenschiebers mit dem Spitznamen Cobra und erfahren dabei, dass die Leiche des Verbrechers angeblich auf den Bahamas gefunden wurde. Fiona und Jesse machen sich gemeinsam auf den Weg, um die Identität der Leiche zu klären. Nicht zuletzt dank Fionas weiblicher Reize verschaffen sich die beiden Zutritt ins Leichenschauhaus. Es gelingt ihnen gerade noch rechtzeitig, den Obduktionsbericht zu stehlen, denn die Polizei ist ihnen bereits dicht auf den Fersen. Zurück in Miami lässt Sam seine Kontakte spielen und findet heraus, dass es sich bei der Leiche um Jeremiah Kassar handelt. Doch für diese Information fordert Sam von Michael einen Gefallen: Sams Freund Josh leitet mit seiner Frau Lila eine Wohltätigkeitsorganisation. Nachdem sie am Anfang Spendengelder in die Firma des dubiosen Finanzjongleurs Nick Madison investiert hatten und damit große Erfolge feierten, ist Josh nun pleite. Er fordert von Nick sein Geld zurück, verliert dabei jedoch die Nerven und nimmt ihn und dessen Sekretärin als Geisel. Gleichzeitig treffen Sam und Michael ein, können den im Grunde gutherzigen Josh jedoch nicht überzeugen, aufzugeben. Jetzt müssen sich die beiden eine andere Taktik überlegen, wie sie sich und Josh heil wieder aus dieser Nummer herausbekommen, denn mittlerweile stecken auch Michael und Sam in großen Schwierigkeiten. Währenddessen haben Jesse und Fiona die Adresse von Kassar herausbekommen. Allerdings werden sie bei dem Versuch, die Tür aufzubrechen, von der neugierigen Nachbarin Kendra gestört, deren Misstrauen durchaus auch anders interpretiert werden kann.

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Michael soll einem Arzt helfen, dessen Leben und dessen Klink von einer Drogenbande bedroht werden. Auch muss er sich um die Auftragsmörderin Kendra kümmern, die das alte Magnetband aus der Wohnung des ermordeten Waffenschiebers Kassar (alias Cobra) um jeden Preis haben möchte.

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Nachdem es Michael und Sam gelungen ist, Kendra festzunehmen, sperren sie sie in einen Lagerraum. Gemeinsam mit Jesse versucht Michael herauszukriegen, für wen Kendra arbeitet. Doch Kendra ist eine ausgebildete Agentin und gibt ihre Informationen nicht so schnell preis. Auch Michaels Drohung, Kendra ans FBI auszuliefern, lässt sie kalt. Da kommt Michael die Idee, böser Cop, guter Cop zu spielen, um die Gefangene weichzuklopfen. Während Sam den bösen Cop mimt, soll Jesse den guten Part übernehmen und ist damit alles andere als zufrieden. Ein harter Kerl wie er stellt sich schließlich nicht gerne als Weichei dar. Michael und Fiona haben derweil einen weiteren Auftrag an Land gezogen: Buddy fälscht hochwertige Luxusgüter, darunter Taschen und Schuhe. Sein letzter, mysteriöser Kunde gab Buddy den Auftrag, Onyx-Löwenköpfe herzustellen, doch nun versucht der Unbekannte, Buddy umzubringen. Die Spur führt Michael und Fiona in eine Maschinenhalle. Kaum angekommen, fliegt diese jedoch in die Luft. Michael nutzt das anschließende Chaos, um sich selbst als Brandermittler auszugeben – mit Erfolg: In den verkohlten Resten findet er einen geschmolzenen Laptop und eine Gussform aus Kunstharz für die Replik eines Schwertes, das einst Alexander dem Großen gehört hat. Mittlerweile ist es im Besitz des Chefs einer Software-Firma, Ken Bocklage, der plant, das Schwert seinen Gästen bei einer Party zu präsentieren. Michael ist schnell klar, dass die Replik offenbar angefertigt wurde, um das Schwert zu stehlen und durch das Duplikat zu ersetzen. Doch wer ist der eigentliche Dieb?

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An einem sonnigen Tag lockt Jesse seine Freunde unter einem Vorwand an den Strand. Doch anstatt sich zu entspannen, ist Jesse in Wirklichkeit auf der Suche nach seinem ehemaligen Chef Marv, der sich wegen der internationalen Geheimdiensttagung in der Stadt aufhält. Da Marv von Jesses letztem Fall vor seiner Kaltstellung weiß, erhofft sich Jesse weitere Informationen, um den Waffenhandel weiter eindämmen zu können. Er bittet Michael und Fiona, Marv ein wenig unter Druck zu setzen. Es dauert tatsächlich nicht lange und Fiona hat ihn mit ihren weiblichen Reizen um den Finger gewickelt. Aber kann er Jesse auch die erhofften Informationen liefern? Im Hotel der Geheimdiensttagung beobachtet Michael derweil die Ankunft eines russischen Killerteams. Aus Sorge, dass sie es auf ihn abgesehen haben könnten, entführt er gemeinsam mit Jesse und Fiona eines der Mitglieder. Wie sich herausstellt, wollen die Russen jedoch nicht Michael, sondern dem ehemaligen Spion Paul Anderson umbringen. Aber wie kann es sein, dass ein alternder Ex-Spion sich plötzlich wieder auf dem Radar eines russischen Killerkommandos befindet? Wie sich herausstellt hatte Anderson im Kalten Krieg heimlich Informationen über die russischen Jägersatelliten gesammelt. Seine Quellen führen bis in den Kreml. Darin verwickelt ist auch der amerikanische Kongressabgeordnete und Vorsitzender des Geheimdienstausschusses Bill Cowley. Er soll Anderson aus der Patsche helfen, aber wie bringt man einen Politiker dazu, sich mit einem kaltgestellten Ex-Spion zu treffen? Michaels Mutter Madeline muss helfen.

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Michael und Jesse untersuchen weiterhin den Fall, an dem Jesse vor seiner Kaltstellung gearbeitet hat. Dabei stoßen sie auf ein Bankschließfach, an dessen Inhalt ihre Widersacher offenbar großes Interesse haben. Michael und Jesse planen, das Schließfach auszurauben und benötigen dazu ausgerechnet die Hilfe von Michaels Mutter Madeline. Um das Sicherheitssystem auszuspionieren, soll sie das tun, was sie am besten kann: rauchen, um damit die Rauchmelder zu aktivieren. Falls Madeline erwischt wird, droht ihr lediglich eine Geldstrafe – glauben Michael und Jesse. Doch als es tatsächlich so weit kommt, soll Madeline plötzlich verhaftet werden. Sam und Fiona arbeiten derweil für den schwerreichen Geschäftsmann Christian, der im Besitz einer brandneuen Erfindung, eine Lithium-Ionen Batterie, ist. Christian, der zu einer abendlichen Präsentation des Glanzstückes geladen hat, befürchtet jedoch, dass Unbekannte die Batterie stehlen wollen und hat daher Fiona und Sam als Sicherheitspersonal engagiert. Und tatsächlich: Noch bevor die Dinner-Party beginnt, steigen plötzlich bewaffnete Ganoven in Christians Haus ein. Allerdings haben sie es keineswegs auf die Batterie abgesehen, sondern entführen Christians Frau Sarah gemeinsam mit Fiona, die sich gemeinsam mit Sarah im Bad eingeschlossen hatte. Als Michael davon erfährt, ist der geplante Banküberfall erst einmal zweitrangig. Besonders Jesse scheint sich große Sorgen um Fiona zu machen. Ist er etwa heimlich in seine Kollegin verliebt?

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Die Recherche an Jesses Fall vor seiner Kaltstellung bekommt eine überraschende Wendung: Die gestohlene Bibel aus dem Bankschließfach gehört dem Verbrecher Simon Escher und ist mit einem Buchcode versehen. Michael kennt Simon nur zu gut, immerhin war dieser einer seiner härtesten Widersacher bisher. Seit ihrer letzten Begegnung weilt Escher in einem Geheimgefängnis, dessen Standort nur Vaughn kennt. Doch dieser weigert sich, den Kontakt zu Escher herzustellen. Als plötzlich zwei FBI-Beamte auftauchen, kann sich Michael vorerst nicht weiter mit Vaughn und der Bibel beschäftigen, denn die beiden Polizisten fordern Michaels komplette Aufmerksamkeit: Ihnen ist der Kronzeuge in einem brisanten Fall gegen ein türkisches Verbrechersyndikat abhandengekommen. Der Mann heißt James Bailey und hat vor einiger Zeit einen Mord beobachtet. Mit seiner Aussage erhofft sich das FBI den Kopf der türkischen Organisation dingfest machen zu können, doch die hat bereits den Profikiller Cole angeheuert, um Bailey auszuschalten. Die Suche nach Bailey gestaltet sich alles andere als leicht. Da es keinerlei Anhaltspunkte über seinen Verbleib gibt, hängt sich Michael an Cole und wird von diesem zunächst ebenfalls für einen Auftragskiller gehalten. Derweil braut sich über Miami ein gewaltiger Sturm zusammen, der das Telefonnetz lahmlegt. Ausgerechnet jetzt bekommt Fiona überraschend Besuch von Vaughn, der ihr einen Deal vorschlägt: Fiona soll ihm die Bibel aushändigen. Im Gegenzug bietet er an, Jesses Kaltstellung aufzuheben und ihm nicht zu verraten, dass in Wirklichkeit Michael für genau diese verantwortlich ist. Aber wird Fiona sich darauf einlassen und Michael in den Rücken fallen?

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Noch immer ist der Bibelcode des Schwerverbrechers und Psychopathen Simon Escher ungelöst. Doch immerhin ist es Michael gelungen, Vaughn, der Simon versteckt hält, davon zu überzeugen, ein Treffen mit dem abtrünnigen Agenten zu arrangieren.

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Der Fall Simon Escher und dessen verschlüsselter Bibelcode geht in die nächste Runde: Nachdem Michael, Sam und Fiona durch die Tonbandkassette erfahren haben, dass Vaughn offensichtlich hinter Michaels Kaltstellung steckt, verrät Simon ihnen den Namen einer weiteren Person, die hinter dem Bibelcode her ist: John Barrett, Chef eines großen Telefonunternehmens.

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Seitdem Jesse er erfahren hat, dass Michael Schuld an seiner Kaltstellung ist, ist er spurlos verschwunden. Das ist kein gutes Zeichen, denn allen ist klar: Er will Michael töten. Doch das ist für den Betroffenen zunächst einmal zweitrangig, denn Michael arbeitet noch immer an Jesses ehemaligen Fall weiter, bei dem er zuletzt auf die Spur von John Barrett gekommen ist.

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Michael wurde von Jesse absichtlich angeschossen, allerdings nicht um ihn zu töten, sondern um Michael aus den Fängen von John Barrett zu befreien. Seitdem liegt er im Krankenhaus und erholt sich nur langsam von seiner Verletzung. Bei ihrem letzten Treffen und der Bibelübergabe an John Barrett ist dieser ums Leben gekommen und der Koffer samt der Namenslisten, auf denen die Personen vermerkt sind, die Michael und Jesse kaltgestellt haben, verschwunden.

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Nachdem Mark Sweeney, der den Koffer samt der codierten Listen nach dem Zwischenfall mit John Barrett an sich genommen hatte, ermordet wurde, spürten Michael und sein Team Justin Walsh auf.

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Michael und seine Freunde sind auf ihrer Suche nach den Hintermännern, die für Michaels Kaltstellung verantwortlich sind, weiter gekommen: Justin Walsh hat dubiose Geschäftsleute eingeladen.

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Sam benötigt Michaels Hilfe bei einem brisanten Fall: Sams Freund, der Polizist Kevin Baruchel, ist seit zwei Wochen spurlos verschwunden und seine Frau macht sich große Sorgen. Wäre das nicht schon schlimm genug, wird Kevin verdächtigt, zwei Drogendealer erschossen und deren Kokain gestohlen zu haben. In seinem Wagen wurden Spuren der Droge gefunden und die Anrufliste seines Handys zeigt, dass Kevin offenbar Kontakt zu einschlägig vorbestraften Übeltätern hatte. Doch sowohl Kevins Frau als auch sein Partner, Detective Pete Jackman, glauben an Kevins Unschuld. Da die Chefetage der Polizei den Fall bereits zu den Akten gelegt hat, soll nun Sam herausfinden, was mit seinem Freund passiert ist. Michael zögert, denn immerhin sieht die Sachlage eindeutig aus: Er ist davon überzeugt, dass Kevin sich mit den Drogen abgesetzt hat. Als jedoch die genaue Analyse seines Telefons ergibt, dass Kevin Kontakt mit dem Dealer Ted Sayers hatte, sind Michael, Sam, Jesse und Fiona beunruhigt. Und tatsächlich: Bei Teds Verhör verrät ihnen dieser, dass er Kevin umgebracht hat. Als er ihnen jedoch den Namen seines Auftraggebers verrät, kann vor allem Sam nicht glauben, was er da gerade hört. Nebenbei steht Michael vor einer großen Entscheidung: Wie will er mit den Informationen auf der Liste, die die Namen der Personen enthält, die für seine Kaltstellung verantwortlich sind, umgehen? Er beschließt, die Liste den Behörden zu übergeben, damit die über deren Umgang entscheiden. Jesses ehemaliger Chef Marv soll als Mittelsmann dienen und dieser hat für die Übergabe bereits ein Team der Heimatschutzbehörde organisiert. Doch als Jesse und Michael beim Treffpunkt ankommen, scheint etwas nicht mit rechten Dingen zuzugehen.

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Marv ist beim letzten Übergabeversuch der Liste, auf der die verschlüsselten Namen der Personen stehen, die für Michaels Kaltstellung verantwortlich sind, vor Michaels und Jesses Augen gestorben. Nun befindet sich die Liste in den Händen des Soziopathen und Spions Tyler Brennen, den Michael nur zu gut kennt. Beide vereinbaren ein Treffen und Brennen kommt schnell auf den Punkt: Er verlangt von Michael jeden Code auf der Liste zu entschlüsseln und die Person, die dahinter steckt, umzubringen. Ansonsten würde er Vaughn eine Aufnahme zuspielen, auf der ein Gespräch zwischen Michael und Marv aufgezeichnet ist, bei dem Michael ihn in die Machenschaften von Vaughn einweiht. Eins steht fest: Wenn Vaughn dies spitz kriegen sollte, sind Michael, Jesse, Fiona, Sam und selbst Madeleine geliefert. Um Michael bei der ganzen Aktion im Auge zu behalten, stellt Brennen ihm einen alten Bekannten an die Seite – Michaels ehemaligen Freund und Mentor Larry Sizemore. Im Gerichtsgebäude finden beide heraus, dass sich hinter dem ersten Code ein gewisser Albert Machado verbirgt. Während Michael diesen entführen und verhören will, hat Larry offenbar kein Problem damit, kurzen Prozess zu machen. Er tötet Machado und schnell wird klar, wer hier das Ruder in der Hand hat: Larry ist hinter der Liste her und macht vor nichts Halt – auch nicht vor Michael …

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Michael ist endlich in Besitz des USB-Sticks, auf dem die Liste mit den Namen gespeichert ist, die für seine Kaltstellung verantwortlich sind. Doch als er erfährt, dass ausgerechnet sein vermeintlicher ‚Freund‘ und Auftraggeber Vaughn hinter seiner Burn Notice steckt und nun hinter der Liste her ist, ist Michael geschockt. Nicht dass er Vaughn jemals vertraut hätte, doch offenbar hatte dieser schon immer alle Strippen in der Hand und kein Schritt von Michael blieb je unbemerkt. Zudem haben die Verantwortlichen der Burn Notice auch noch Einfluss auf das FBI. Michael weiß: Vaughn schreckt vor nichts zurück – auch nicht davor, Michael und seine Freunde umzubringen. Nun muss Michael nicht nur sich in Sicherheit bringen, sondern auch an das Wohl von Fiona, Sam, Jesse und Madeleine denken. Aber besonders letztere kann die Lösung des Problems sein: Madeleine soll erneut Kontakt mit dem Kongressabgeordneten Cowley aufnehmen, um diesen auf die Existenz von Vaughns internem Netzwerk aufmerksam zu machen. Nur mit seiner Hilfe könnten Michael und Co den Machenschaften ihres Widersachers ein Ende bereiten. Indes suchen Michael, Jesse und Fiona ein geeignetes Versteck für den USB-Stick, werden dabei jedoch von Vaughns Männern entdeckt und können sich gerade noch rechtzeitig in ein stillgelegtes Hotel retten. Allerdings wurde Jesse dabei angeschossen und seine Kräfte schwinden zusehends. Damit nicht genug hat Vaughns Team das Hotel innerhalb kürzester Zeit umstellt und die Lage scheint aussichtslos – erst recht, als überraschenderweise plötzlich Madeline auftaucht, die von Vaughn als Druckmittel eingesetzt wird.

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