Ein Einsatz zur Festnahme eines Schwerverbrechers endet mit einem tödlichen Schuss. Offiziell handelt es sich um Notwehr, doch die Tatwaffe ist verschwunden. Ein kleiner Junge könnte alles gesehen haben. Während die Soko fieberhaft nach ihm sucht, wird ein Beamter des Bundesasylamtes erschossen aufgefunden. Die Ermittlungen führen beide Fälle zusammen und bringen alle Beteiligten in höchste Gefahr.

Nicht eine Leiche, sondern eine herrenlose Aktentasche bringt die SOKO auf Trab. Deren Besitzer, Dr. Schreber, Bibliothekar der Nationalbibliothek, ist seit zwei Tagen spurlos verschwunden. Die neuen Sisi-Briefe werfen Fragen auf: Geht es um die seltenen Original-Sisi-Sterne? Hat Schreber sie gefunden – und wollte er damit möglicherweise illegal Geld machen?

Ein anonymer Anrufer schickt die Soko an den Hafen, wo Ribarski und Nowak auf einer Motoryacht ausgerechnet den Staatsanwalt Dr. Seiler über eine verblutete Leiche gebeugt vorfinden. Seiler wird unter Mordverdacht verhaftet, doch das Soko-Team will seine Unschuld beweisen und beginnt, das Umfeld des Toten zu überprüfen, welcher vom Staatsanwalt einst wegen Mädchenhandels angeklagt wurde.

Während einer Schiffstaufe wird die Leiche eines Schülers angeschwemmt. Die Ermittlungen führen die SOKO in eine Welt brutaler Gewalt, in der Übergriffe gefilmt und als Trophäen verbreitet werden. Doch auch im Elternhaus des Opfers gab es Gewalt. War die eigene Familie in den Tod verwickelt? Und welches Geheimnis hütet der jüngere Bruder?

Ein Todesfall in einem steirischen Frauenkloster wirkt zunächst wie Selbstmord, doch die SOKO vermutet Mord. Hinter den Klostermauern stoßen die Ermittler auf ein Netz aus Geheimnissen und Verdächtigen, bis ein weiterer Gast tot aufgefunden wird und der Fall eine dramatische Wendung nimmt.

Nach dem Tod eines jungen Polizeischülers gerät alles außer Kontrolle: Der festgenommene Drogendealer stirbt in der Arrestzelle und ausgerechnet die Beweise belasten Oberstleutnant Nowak. Plötzlich muss die SOKO nicht nur einen Mord aufklären, sondern auch den eigenen Kollegen entlasten.

Ein Mord und der Diebstahl einer wertvollen Stradivari führen die SOKO in die Welt der klassischen Musik. Während sich die Hinweise gegen den spielsüchtigen Verlobten einer Geigenvirtuosin richten, wächst der Verdacht, dass jemand die Ermittler gezielt auf eine falsche Spur lenken will.

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Nach dem tödlichen Absturz eines Drachenfliegers ermittelt die SOKO in Oberösterreich. Schnell wird klar, dass Rechtsanwalt Thomas Lechner nicht verunglückte, sondern ermordet wurde: Das Seil seines Flugdrachens wurde manipuliert. Die Spur führt zu einem Waffenskandal rund um einen Mandanten Lechners. Gleichzeitig gerät Clubkollege Marek ins Visier, nachdem er am Abend zuvor in der Kanzlei gesehen wurde. Auch der Name Rahamane Harouna gibt Rätsel auf.

Nach dem Fund einer Frauenleiche ermittelt die Soko in Grein an der Donau und stößt auf ein Heim für straffällige Jugendliche. Der Heimleiter versucht, Nachforschungen gegen seine Schützlinge zu blockieren, während die Psychologin kooperiert. Schnell gerät ein auffälliger Jugendlicher ins Visier der Ermittler. Parallel beschäftigt das Team ein älterer Mordfall. Nach und nach verdichten sich die Hinweise, dass beide Verbrechen miteinander verbunden sind.

Als ein Fiakerlenker tot auf seinem Kutschbock entdeckt wird, stößt die SOKO auf ein Netz aus Geheimnissen. Die Ermittlungen führen vom traditionsreichen Fiakerbetrieb bis zu einer alten Geisterbahn im Prater, um die offenbar mehr als nur nostalgische Erinnerungen kreisen.

Ein tödlicher Zwischenfall reißt Pennys Bruder unerwartet in einen Kriminalfall. Was zunächst wie ein tragischer Verkehrsunfall aussieht, entpuppt sich für die SOKO schnell als Mord mit vielen offenen Fragen.

In der Nacht fallen an der Donauuferpromenade Schüsse. Drei Männer kämpfen um ihr Leben, ein Moldawier wird tödlich getroffen und stürzt in den Fluss. Die anderen beiden fliehen. Einer von ihnen ist Tim Weihs, ein Medizinstudent, dessen Mutter jede Zusammenarbeit mit der Polizei verweigert. Als eine zweite Leiche auftaucht, entdecken die Ermittler eine Verbindung: Beiden Opfern wurde eine Niere entnommen.

Betroffen beobachten die SOKO-Ermittler gemeinsam mit ihren Grazer Kollegen, wie eine an einem Verladekran gefesselte Leiche aus dem Wasser geborgen wird. Das Opfer war ein verdeckter Ermittler der Steirer und einer Falschgeldbande auf der Spur. Dirnberger und sein Team müssen nun gemeinsam mit Sterkl und Caro Geiger nicht nur den Mord aufklären, sondern auch einen großangelegten Geldschmuggel stoppen.

Ein steirischer Tanzverein feiert auf einem Donau-Schiff sein 50-jähriges Bestehen. Ehrengast ist Toni Labes, der nach fast vier Jahrzehnten in Argentinien in seine Heimat zurückgekehrt ist und den Ausflug großzügig finanziert hat. Auch Helmut Nowak ist spontan an Bord, um seine Oma zu überraschen. Doch beim ersten Tango stirbt Labes plötzlich auf der Tanzfläche. Schnell steht fest: Er wurde vergiftet. Helmut alarmiert sein Team.