10 Jahre nach dem Anschlag vom 11. September 2001: Mac Taylor arbeitet in einem Labor, das versucht die Opfer des Anschlags doch noch zu identifizieren. Jo Danville leitet die CSI-Abteilung kommissarisch. Danny Messer ist befördert worden und arbeitet nun als uniformierter Polizist in New York. Der Türsteher einer Bar ist erschossen worden und das verbliebene Team folgt den Spuren. Daneben zeigt die Folge in Rückblenden, wie das Leben der Teammitglieder von dem Attentat beeinflusst wurde. Gegen Ende der Episode findet die Gedenkfeier für die Opfer des 11. September statt.

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Ein junger Student wird ermordet, und sein Mitbewohner ist verschwunden. Verdächtigt wird zunächst einerseits die Freundin des Toten, eine junge Musikerin, andererseits stellt sich heraus, dass er offenbar mit Falschgeld zu tun hatte.

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In einem gestohlenen Ferrari wird die Leiche einer jungen Frau gefunden. Es stellt sich heraus, dass sie zu einer Familie von Autodieben gehörte und eine ihrer beiden Schwestern spurlos verschwunden ist. Offenbar haben sie sich mit dem falschen Autobesitzer angelegt.

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Danny wird, nachdem er mit drei untergebenen Polizisten eine Bar besucht hat, niedergeschlagen. Als er wieder aufwacht, ist einer der drei Angreifer tot, mit Dannys Waffe erschossen.

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Eine junge Frau wird in ihrer Wohnung ermordet aufgefunden. Zunächst weist alles auf ihren drogensüchtigen Freund als Täter hin. Aber dann entdeckt das CSI-Team, dass die ihn belastenden Spuren offenbar gezielt gelegt wurden.

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Auf einem Friedhof wird ein toter Student in einem Grab gefunden. Bei den Ermittlungen stößt das CSI-Team auf ein perfides Spiel innerhalb einer Studentenverbindung.

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Auf einer Hausparty stürzen einige der Gäste samt Balkon in die Tiefe. Dabei stirbt offensichtlich die Gastgeberin. Später stellt sich jedoch heraus, dass sie schon vor dem Sturz getötet wurde. In einem zweiten Fall sieht sich Jo Danville mit einem Fall aus ihrer Vergangenheit konfrontiert. Ein Vergewaltiger aus Washington treibt nun in New York sein Unwesen und Danville konnte ihn in Washington vor einigen Jahren aufgrund von Fehlern bei den Ermittlungen nicht überführen.

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Ein Richter wird auf offener Straße erschossen. Zunächst vermutet das CSI-Team einen Auftragsmord der Russenmafia, aber dann erfährt es, dass er möglicherweise Dreck am Stecken hatte. Währenddessen beginnt das Verfahren gegen den Vergewaltiger aus der vorangehenden Episode, doch es gibt Unstimmigkeiten in der Aussage seines Opfers.

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Das Verfahren gegen den der Vergewaltigung Verdächtigten der vorangegangenen beiden Episoden droht zu platzen, da die Aussagen seines Opfers immer unhaltbarer werden. Dann wird er auch noch ermordet. Doch dank der privaten Ermittlungstätigkeiten eines früheren Kollegen von Jo ergeben sich neue Spuren.

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Als die verbrannte Leiche eines Cagefighters gefunden wird, verdächtigt das CSI-Team zunächst einen Stalker. Doch dann taucht ein junger Mann auf, dessen Kleidung mit Blut und Benzin getränkt ist. Und schließlich entdeckt Sid an der Leiche Merkwürdiges.

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Ein wohlhabendes Ehepaar wird zuhause überfallen und ausgeraubt. Dabei kommt der Ehemann ums Leben. Einer der beiden Täter ist zwar schnell gefasst, doch in dem scheinbar einfachen Fall tauchen immer wieder neue Ungereimtheiten und Fragen auf.

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In einer dunklen Gasse wird die Leiche einer jungen Frau gefunden, die einen falschen FBI-Ausweis bei sich hatte. Ihr Begleiter wurde offensichtlich entführt. Die Ermittler finden heraus, dass die beiden an einem merkwürdigen Spiel teilnahmen, aus dem blutiger Ernst wurde.

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Ein Fahrradbote stirbt während einer Verfolgungsjagd bei einem Sturz über eine Treppe, und wenig später wird in einem Park die Leiche eines Mannes gefunden, der sowohl erdrosselt als auch mit einem Pfeil erschossen wurde. Beide Fälle weisen Merkwürdigkeiten auf, und obendrein scheinen sie auch noch zusammenzuhängen.

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Eine Laborantin des CSI-Labors wird ermordet. Die Tat ähnelt in fast allen Details einem unaufgeklärten Mord aus dem Jahr 1957.

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Ein Zusteller von Gerichtsvorladungen wird ermordet. Zunächst wird hinter der Tat jemand vermutet, den er durch eine Vorladung verärgert hat, doch dann führt die Spur in die Welt der E-Sport-Turniere.

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Ein irischer Ladenbesitzer wird ermordet und zerstückelt, seine Leichenteile werden an den vier Ecken von Hell’s Kitchen platziert. Die Liste möglicher Verdächtiger und Motive reicht von Grundstücksspekulanten bis zum Handel mit gefälschten Zigaretten.

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Ein Mann wird im Treppenhaus des Hauses, in dem er und seine Frau aufgewachsen sind, vor deren Augen erschossen. Zunächst stellt sich die Frage nach dem Motiv des Überfalls, doch als herauskommt, dass die Ehefrau bei der Schilderung des Tathergangs gelogen und auch noch eine Affaire hat, kommen die Ermittler des CSIs hinter das Motiv …

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Mac Taylor gerät in einer Apotheke in einen Raubüberfall und wird angeschossen. Während seine Kollegen fieberhaft die Täterin suchen, kämpfen die Ärzte um sein Leben.

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