Aboard Air Force One a Naval officer dies after eating with the PotUS, then a Marine officer (connected with AF1) also dies in Georgetown in the same way. Abby identifies the cause, and Gibbs thwarts an attempt to assassinate the PotUS.

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Bei einer Fallschirmübung kommt es zu einem Zwischenfall, einer der Springer, „Klopfer“, stirbt. Das Team findet heraus, dass ein Drogenschmugglerring in den Reserveschirmen der Fallschirmspringer Kokain transportierte. Klopfer, der nicht zu den Drogenhändlern gehörte, diente unwissentlich als Transport. Als sich sein Hauptschirm nicht öffnete, hatte er keinen Reserveschirm, da dieser mit Kokain gefüllt worden war.

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Ein Marine wird getötet. Zuerst sieht es so aus, als sei er in Drogengeschäfte verwickelt gewesen, doch „Seadog“ setzte sich für eine Kampagne gegen Drogen ein. Gibbs versucht, die Unschuld des Mannes zu beweisen und stößt dabei auf eine Terrorzelle, die es auf das Stromnetz abgesehen hat.

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Im Meer wird die Leiche eines Matrosen gefunden. Er war ein süchtiger Onlinerollenspieler und hat sich gerne via Internet duelliert. Es stellt sich die Frage, ob die Fantasiewelt zur Realität wurde. Das Team findet heraus, dass er zunehmend das Gefühl für die Realität verlor. Mit einem anderen Matrosen, der im Computerspiel sein "Erzfeind" war, hat er sich an Bord sogar mit echten Schwertern duelliert. Als dieser merkte, dass sein Gegner vollkommen verrückt war, forderte er ihn auf, seine übernatürlichen Fähigkeiten durch das Laufen über Wasser zu beweisen.

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In einem Abwurfbehälter wird die mumifizierte Leiche eines Angehörigen der US-Streitkräfte gefunden. Er soll vor vielen Jahren mit gestohlenem Geld der Navy verschwunden sein. Ist er in Wirklichkeit unschuldig?

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Der Special Agent an Bord der USS Enterprise, selbst einmal ein Teil von Gibbs’ Team gewesen, bittet seinen ehemaligen Vorgesetzten um Mithilfe: ein junger Seemann ist auf dem Schiff Amok gelaufen, nachdem er eine hohe Dosis Speed genommen hat. Der Junge bestreitet allerdings, jemals Drogen genommen zu haben. Werden den Matrosen absichtlich Pillen zur Leistungssteigerung untergemischt?

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Auf einem Navy Stützpunkt wird in einem Fass mit Säure eine Leiche gefunden. Anscheinend hat jemand den Platz des nicht identifizierbaren Toten eingenommen. Kate und Gibbs ermitteln auf einem U-Boot, das gerade eine Übung im Atlantik durchführt. Sie versuchen den Täter zu identifizieren. Wie sich herausstellt ist der Sonarbediener der Mörder.

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Ein Dolmetscher aus Guantanamo stirbt an inneren Blutungen. Als Ducky den Mageninhalt untersucht, stellt er fest, dass es sich um Smaragde handelt. Gibbs und sein Team fliegen sofort nach Kuba und nehmen gemeinsam mit Paula Cassidy die Ermittlungen auf.

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Bei der Trauerfeier um ihren Mann erhält Sarah einen Anruf von ihm, in dem er behauptet, er würde noch leben. Also wird der NCIS beauftragt, der Sache nachzugehen. Und der Vorgesetzte des Toten verrät, dass er im Bordell getötet wurde. Doch Gibbs lässt nicht locker.

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Eine Frau wird gefunden – sie war lebendig begraben und hat ihr Gedächtnis verloren. Das einzige, woran sie sich erinnert, ist, dass eine Bombe auf einem Schiff versteckt ist. Der NCIS beginnt nun verzweifelt, das Schiff ausfindig zu machen. Während die Frau versucht, ihr Gedächtnis wiederzuerlangen, fasst Kate immer mehr Vertrauen zu ihr.

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Zwei junge Mitarbeiter der CIA beobachten per Zufall den Mord an einem Angehörigen der Navy. Der hat, wie sich herausstellt, an einem geheimen Sonargerät gearbeitet; der einzige Prototyp ist verschwunden.

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Ein Obdachloser durchwühlt einen Müllcontainer und entdeckt das abgetrennte Bein eines Marines. Der Marine ist allerdings schon längst tot. Ist dafür eine Ärztin aus einer Kleinstadt in West-Virginia verantwortlich?

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Ein Anwerber der Marines wird in seinem Büro von einem Scharfschützen hingerichtet. Gibbs zieht wieder seine alte Uniform an und versucht, dem Täter eine Falle zu stellen.

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Auf der Straße wird die Leiche eines Soldaten gefunden, der anscheinend versucht hat, bei einem Reifenschaden zu helfen. Ist er das Opfer eines grausamen Mörders geworden?

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Colonel Ryan, ein alter Freund von Gibbs, ist mit zwei Mio. Dollar aus dem Irak verschwunden. Der Colonel glaubt, das Geld würde für illegale Zwecke genutzt. Doch der Colonel scheint am posttraumatischen Stresssyndrom zu leiden.

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Ein Terrorist hat sich, in einem Leichensack versteckt, ins NCIS-Hauptquartier geschmuggelt und fordert die Rückgabe einer Leiche. Er hält dafür Ducky, Kate und Gerald als Geiseln gefangen.

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Ein junger PO, der in der Postabteilung arbeitete, wird tot in einem Nachtclub gefunden. Haben seine Freunde etwas zu verbergen, denn im Zimmer des PO finden Gibbs und das Team eine große Summe Geld?

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Ein Häftling aus Leavenworth ist auf der Flucht. Immer wieder kann er Gibbs’ Team an der Nase herumführen. Doch bald stellt sich heraus, dass der Flüchtige wahrscheinlich unschuldig ist. Derweil versucht Chris Pacci, ein Kollege, in einem alten Fall zu ermitteln.

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Chris Pacci, ein Agent des NCIS, wird ermordet und aufgeschlitzt in einem Fahrstuhl gefunden. Das Team finden raus, dass Pacci dabei war, einen alten Fall neu aufzurollen. Lieutenant Commander Voss hatte die Navy um Millionen betrogen. Dies konnte ihm jedoch nicht mehr nachgewiesen werden, da er bei einem Autounfall tödlich verunglückte. Pacci nahm sich den Fall aufgrund neuer Hinweise noch einmal vor.

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Ein Gunnery Sergeant wird als fahnenflüchtig gemeldet. Das Team übernimmt den Fall. Der Wagen des Gunnys wird vor einer Bar gefunden. Der Sergeant wurde in der Bar unter Drogen gesetzt und verschwand kurz darauf. Abby findet heraus, dass zwei weitere Marines, die mit ihm stationiert waren, ebenfalls vermisst werden. Tony beschattet daraufhin den CO dieser Marines. Tony wird dabei jedoch bewusstlos geschlagen, er erwacht in einer kleinen Zelle, in der sich auch der gesuchte Gunny aufhält.

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Ein Marine wird mit einer SMAW ermordet. Die Spur führt zu einer verdeckten ATF (Bureau of Alcohol, Tobacco, Firearms and Explosives)-Operation und einer Gruppe von Milizen.

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Lieutenant Johnson, Mitglied der SEALs, stürzt während einer Abseilübung ab. Abby stellt fest, dass der Karabiner durch einen aus schwächerem Metall ersetzt wurde. Wer hat versucht, den Lieutenant umzubringen?

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Der Terrorist, der Ducky und Kate in der Autopsie gefangen gehalten hatte und Gerald eine Kugel in die Schulter schoss, ist wieder zurück. Diesmal versucht er, Marine One abzuschießen. Dafür nimmt er Kate erneut als Geisel. Doch Gibbs kann endlich Rache nehmen, auch wenn Ari nicht getötet wird.

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