Das NCIS-Team steht vor einem Mysterium, als eine Leiche aus dem Autopsiesaal spurlos verschwindet. Wollte man mit dieser makabren Tat womöglich Beweise vertuschen? Gibbs und Fornell versuchen derweil, einen mächtigen Drogendealer dingfest zu machen und seine Rolle in der Opioid-Krise zu ergründen. Doch damit nicht genug: Fornell muss schockiert feststellen, dass seine eigene Tochter mit dem Übeltäter bereits im Geschäft war.

Rätselhafter Fund: Mitten im Keller des Hauptquartiers stößt der NCIS auf eine Leiche. Die Ermittlungen zeigen, dass das Opfer mit einer Mafia-Organisation in Verbindung steht, die für Gibbs nicht unbekannt ist. Der Fall weckt alte Erinnerungen in ihm über seine Anfangszeit bei der NCIS, in der er dieser gefährlichen Gang bereits auf der Spur war ...

Nach einem trinkfröhlichen Abend erwartet das NCIS-Team am nächsten Morgen ein weiterer grausamer Fall, der all seine Expertise erfordert. Doch damit nicht genug: Das Mordmotiv führt die Ermittler auf die Jagd nach einem verborgenen Schatz. Derweil ermitteln Gibbs und Fornell weiter gegen einen mächtigen Drogenring, stets mit dem Ziel vor Augen, die Hauptakteure der Opioid-Krise hinter Gitter zu bringen ...

McGee verbringt gemeinsam mit seiner Frau einen entspannten Urlaub auf den Bahamas, bis er einen Anruf von der NCIS erhält und einwilligt, an einem gefährlichen Fall auf der Insel mitzuarbeiten. Indessen macht sich Gibbs große Sorgen um Fornell, der möglicherweise in Schwierigkeiten stecken könnte ...

Die Suche nach dem untergetauchten Drogendealer Merriweather, Kopf einer sehr gefährlichen Bande, geht weiter. Erst ein unverhofftes Wiedersehen bringt die Agenten auf eine heiße Spur ... Die NCIS stellt indessen schockiert fest, dass die Opioid-Pillen, die von Merriweathers Leuten auf den Markt gebracht wurden, schlimmere Auswirkungen haben als erwartet. Daraufhin spannt Gibbs sein Team in den brenzlichen Fall mit ein, was verheerende Folgen nach sich zieht ...

Bishop und Torres verfahren sich auf der Suche nach Sprengstoff von berüchtigten Schmugglern. Als sie in einem alten Haus nach Hilfe suchen, stoßen sie auf die gesuchten Übeltäter, die sich mit Schüssen wehren. Sie sperren die Agenten in Zellen ein, die eine Flucht unmöglich machen und ziehen davon. Während Gibbs versucht, seine Kollegen zu finden, lässt ihn der Gedanke noch immer nicht los, dass er McGee mit seiner Rettungsaktion fast umgebracht hätte.

Petty Officer David Avila wird erschossen in seinem Auto gefunden. Sein Mitfahrer war Luis Carter, der gerade nach 21 Jahren aus dem Gefängnis entlassen wurde. Das Team kann Carter aufspüren.

IIn Afghanistan wird ein verlassener Schulbus am Straßenrand entdeckt. Der Fahrer ist tot und von den Schülerinnen fehlt jede Spur - was jedoch gefunden wird, ist Sloanes Name, der an ein Fenster des Fahrzeugs geschrieben wurde. Gibbs und Sloane begeben sich daraufhin nach Afghanistan, um den Fall aufzuklären und die vermissten Mädchen zu finden. McGee, Bishop und Torres versuchen währenddessen einen Hacker aufzuspüren, der geheime Informationen an die Taliban weitergegeben hat.

In einem Lebensmitteltruck wird eine tiefgefrorene Leiche gefunden. Der Tote ist ein Navy Offizier, der seinem Cousin mit dessen Food Truck ausgeholfen hat. Um den Fall aufzuklären, taucht das Team der Navy CIS in die Welt der fahrenden Imbissbuden ab. Währenddessen muss sich das Team, und vor allem Gibbs, erst einmal daran gewöhnen, dass Jack in Afghanistan zurückgeblieben ist.

Ein grausamer Fall von Tierquälerei ruft Special Agent Gibbs auf den Plan. In den Fokus seiner Ermittlungen kommt schnell der Wohnwagenbesitzer Luke Stana. Trotz mangelnder Beweislast zieht er den Mann brutal zur Verantwortung - was nicht ohne Konsequenzen für ihn und sein Team bleibt.

Beim NCIS herrscht höchste Alarmbereitschaft, als die Info durchsickert, dass der Verteidigungsminister Moses McClane während eines Treffens umgebracht werden soll. Auch die degradierten Ermittler McGee, Bishop und Torres sind vor Ort - dürfen jedoch an dem großen Fall nicht mitarbeiten. Schnell merken sie jedoch, dass sie eingreifen müssen, denn den Ermittlern Tyler und Sawyer unterläuft ein grober Fehler ...

Die Navy CIS nimmt die Ermittlungen auf, als ein toter Marine aufgefunden wird. Schnell wird es für Nick persönlich, denn auch sein Vater Miguel Torres hängt in dem Fall mit drin. Trotz des schweren Verhältnisses zwischen ihnen müssen die beiden zusammenarbeiten, denn ansonsten droht ein Unschuldiger, verurteilt zu werden.

Der ehemalige Wall Street-Investor Parker James soll Navy-Angehörige um mehrere Millionen Dollar betrogen haben. Nur Gibbs hat einen Beweis für die Tat, wird jedoch aufgrund seiner Suspendierung nicht als Zeuge zugelassen. Zur gleichen Zeit wird der Navy CIS zu einem Unfall gerufen, bei welchem das Team schnell von einem missglückten Auftragsmord ausgeht.

Das NCIS-Team ist hinter einem gestohlenen Laptop her, der einem ermordeten Navy-Offizier entwendet wurde. Die Spuren führen zu Micki und George Kaydar, die nach einem schweren Unfall im Krankenhaus liegen. Das Paar kümmert sich um den kleinen Phineas, der mit Gibbs befreundet ist. Doch wo ist der Junge? Gibbs macht sich sofort auf die Suche ...

Special Agent Jessica Knight und ihr Team werden bei einer Verfolgungsjagd von einer Bombe überrascht - drei ihrer Kollegen werden dabei tödlich verletzt. Trotz der Tragödie will sich Knight nicht unterkriegen lassen und beginnt mit der NCIS die Ermittlungen. Zur gleichen Zeit fängt auch Gibbs mit Untersuchungen an, als eine Journalistin ihn mit mehreren Mordfällen konfrontiert.

Die NCIS steckt mitten in den Ermittlungen zu einem illegalen Waffenhandel, als ihnen ein streng geheimes Dokument der NSA in die Hände fällt. Ausgerechnet Agent Ellie Bishop wird beschuldigt, diese Akte geleakt zu haben. Für Torres und McGee steht fest, dass hier etwas nicht mit rechten Dingen zugeht. Auch für Gibbs spitzt sich die Situation zu, denn er und Marcie kommen einem Serienkiller bedrohlich nahe ...