Valentinstag. Blossom, Bubbles und Buttercup möchten ihren Professor glücklich und verliebt sehen. Deshalb wollen sie ihn unbedingt mit Miss Keane verkuppeln. Die Liebesgeschichte entwickelt sich etwas zäh. Doch plötzlich sind Miss Keane und der Professor nicht mehr voneinander zu trennen. Das gefällt den Powerpuff Girls aber auch nicht besonders. Schließlich hat sie der Professor jetzt kaum noch Zeit für sie. Doch bevor sie sich einen Plan überlegen können, um das frisch verliebte Paar zu trennen, zerbricht die Freundschaft. Schuld daran ist Miss Keane heiß geliebter Kater Valentino. Der Professor mag nämlich keine Katzen, und das kann Miss Keane nicht ertragen.

Blossom hat während eines Einsatzes versagt. Jetzt redet sie sich ein, dass sie eine Versagerin ist und ihren Schwestern nur Unglück bringt. Daraufhin beschließt sie, von zu Hause auszureißen. Dabei läuft sie direkt in die Arme von Mojo, der sie sofort als Geisel gefangen nimmt. Aber damit hat Mojo natürlich nicht genug. Er will auch Blossoms Schwestern und den Professor ...

Die Powerpuff Girls werden nachts von den schlimsten Alpträumen heimgesucht. Dahinter steckt ‚Er‘, der die Mädchen mit ihren schlimmsten Ängsten Nacht für Nacht konfrontiert. Doch gemeinsam gelingt es den Powerpuff Girls die Ängste zu bekämpfen und ‚Er‘ zu besiegen.

Monster lassen sich in Townsville nieder, weil sie von ihrer Heimatinsel vertrieben werden. Sie versuchen, in Frieden mit den Stadtbewohnern zu leben, aber natürlich verursachen sie einigen Aufruhr.

Die Girls nehmen im Rahmen eines Zeugenschutzprogramms einen sprechenden Hund auf, der ein Verbrechen beobachtet hat. Vergeblich versuchen sie ihn dazu zu bringen, sein Erlebnis preiszugeben.

Der Bürgermeister reibt eine Chemikalie auf seinem Kopf ein, die ihm zu besserem Haarwuchs verhelfen soll. Das Ergebnis: Nicht nur seine Haare wachsen – der ganze Bürgermeister wird gigantisch groß! Als Riese trampelt er durch die Stadt – mit fatalen Folgen …

Die Amoeba-Boys haben eine Methode entdeckt, mit der sie sich vervielfältigen können. Das ist nun so ungefähr das letzte, was Townsville braucht. Wieder einmal müssen die Mädchen die Situation retten.

Für einen wichtigen Vortrag am nächsten Tag soll sich der Professor gründlich ausschlafen. Entschlossen stellen sich die Mädchen einem Einbrecher in den Weg, der des Professors Ruhe zu gefährden droht.

Der Professor begibt sich in Fuzzy Lumpkins’ Unterschlupf, um mehr über ihn herauszufinden. Als er in eine Schlammpfütze fällt, wird er Fuzzy so ähnlich, dass der sich auf der Stelle in ihn verliebt.

Eine Gruppe von Tierschutz-Aktivisten kommt in die Stadt, um Mojo zu schützen. Die Tierschützer wollen sicherstellen, dass er sich wie der natürliche, bösartige Affe verhalten kann, der er in Wahrheit ist …

Als Miss Keane erkrankt, soll ein Aushilfslehrer ihre Klasse unterrichten. Auf Grund seines furchterregenden Äußeren halten die Powerpuff-Girls ihn für gefährlich und machen ihm das Leben schwer.

Der Furcht erregende Him hilft den Rowdyruff Boys, in die Stadt zurückzukehren. Doch damit nicht genug – er beschützt sie auch vor den Fallen der Powerpuff Girls, sodass es für diese äußerst schwierig wird, gegen die Rowdyruff Boys vorzugehen …

Eines Morgens wachen die Heldinnen in einer stinkenden Pfütze auf. Sofort entbrennt ein wüster Streit darüber, wer das Bett nass gemacht hat. Und es gibt jemanden, dem der Zwist gerade recht kommt …

Princess versucht, sich den Rowdyruff Boys anzuschließen, wird aber abgewiesen. Aus Mitleid nehmen sich die Mädchen ihrer an, bereuen es aber schon bald, als sie Princess’ wahres Wesen erkennen.

Ein prähistorischer Höhlenmensch, der im Museum von Townsville versehentlich aus einem Eisblock aufgetaut wurde, verfolgt den Bürgermeister, weil er dessen heißgeliebte Sonnenblumenkerne für Geld hält.

Eines Tages stellen die Girls fest, dass es mal wieder Zeit ist, ihre Schränke zu entrümpeln. So manches Stück kommt zum Vorschein, dass die Heldinnen an vergangene gefahrvolle Einsätze erinnert.

Lügen haben kurze Beine – das müssen auch die Powerpuff Girls feststellen, als sie ein paar Notlügen benutzen. Was sie als harmlosen kleinen Schwindel angesehen hatten, weitet sich zu einem richtig großen Problem aus …

In einer weiteren Episode wollen die Powerpuff Girls die Rowdyruff Boys mit ihren eigenen Waffen schlagen. Deshalb beschließen sie, dass Bubbles Mitglied ihrer Gang werden muss – undercover sozusagen …

Ein Dokumentarfilmer namens Brian Larsen möchte eine Streifen über die Powerpuff Girls drehen, doch es gelingt ihm einfach nicht, passende Interviewpartner zu finden, die ihm Auskunft über die drei geben könnten. Endlich trifft er die Girls gegen Abend an – mitten in einem Gefecht gegen Mojo Jojo …

In Townsville hat sich eine Elterninitiative zusammengefunden, die den Girls zukünftige Einsätze verbieten will. Angeblich versuchen immer mehr Kids, in die Fußstapfen der drei Heldinnen zu treten.

Bubbles hört den Professor bei einem Wutanfall ein paar schlimme Ausdrücke gebrauchen. Die Girls sind entzückt über diese Erweiterung ihres Wortschatzes und machen bei jeder Gelegenheit davon Gebrauch.

Mojo bietet auf seinem Schnäppchenmarkt etwas ganz Besonderes an: einen Zerstörer-Strahl! Sowohl die Powerpuff Girls als auch die Gangreen Gang entdecken diesen Gegenstand und wollen ihn unbedingt haben! Aber wer wird schneller das nötige Geld zusammen bekommen?

Und wieder ein neues Abenteuer für die frei Powerpuff Girls! Buttercup, Blossom und Bubbles gehen zusammen mit dem Professor in einen Stummfilm. Dort werden sie von den Schurken auf der Leinwand in das Filmgeschehen mit hineingezogen.

Die Powerpuff Girls müssen eine neue Bande von Verbrechern das Handwerk legen. Und das ist gar nicht mal so einfach, denn die Gang besteht aus vielen niedlichen kleinen Tierchen, denen man ihre bösen Verbrechen gar nicht ansieht.

Als Mojo Jojo einst die Weltherrschaft mit Hilfe von Primaten übernehmen wollte, gab es einen Affen, der nicht in sein Konzept passte: Mopey Popo tat nicht, was man ihm befahl. Doch nun ist Mopey Popo wieder da und gibt sich genauso fies, wie Mojo Jojo es damals gewollt hatte …

Wieder mal müssen es die Powerpuff Girls mit einem Gegner der ganz besonderen Art aufnehmen! Als der Professor nämlich das Auto der Familie verbessern will, müssen die Mädchen entsetzt feststellen, dass das Auto ihnen den Professor weg genommen hat – sowohl im übertragenen als auch im wortwörtlichen Sinne!

Buttercup öffnet einen Glückskeks, und dessen Inhalt besagt, dass der ‚Frieden im Inneren‘ liege. Daraufhin begibt sich das aggressivste und flippigste der Powerpuff Girls auf den Weg der inneren Erkenntnis und auf die Suche nach Seelenfrieden …

Auch der Professor hat Familie, einen kleinen Bruder mit Namen Eugene, und gelegentlich hören sich die Powerpuffs gerne die Geschichten ihres „Vaters“ an. Dieser tischt ihnen spannende Stories aus einer längst vergangenen Zeit auf, als sie beide noch jung und wild waren. Kaum vorstellbar für die Powerpuffs! Doch dann soll Eugene zu Besuch kommen …

Die Ausschreibung des Professors für das zweite ‚Annual Townsville Chili Cookoff‘ ist diesmal etwas ganz Besonderes, denn er führt eine völlig neue Zutat ein. Doch diese spezielle Zutat bekommt den Mägen der Einwohner von Townsville leider gar nicht gut.

Der schreckenerregende Dynamo kehrt nach Townsville zurück und macht seinem miserablen Ruf alle Ehre: er zerstört Teile der Stadt und terrorisiert ihre Bewohner. Die Powerpuffs sehen sich dabei vor einer doppelten Aufgabe: einerseits die Stadt zu schützen und andererseits herauszufinden, wer hinter Dynamo steckt …

Mojo wird dazu verdonnert, Gemeindearbeit für Townsville zu leisten. Ihre Aufgabe ist es, Sprachunterricht zu geben – keine allzu gute Idee, denn schon bald imitieren die Schüler Mojos merkwürdige Art zu sprechen, und die Alltagsgeschäfte in der Stadt kommen damit zum absoluten Stillstand …

Wissenschaftliche Erfindungen taugen dann etwas, wenn sie wiederholbar sind; doch gerade das sind die Entwicklungen des Professors nicht. Da bleibt ihm nur eine mögliche Schlußfolgerung: alle seine Erfolge sind nichts weiter als Zufälle! Eine bittere Pille für den Professor …

Die gescheiterte Maskenbildnerin Mask Scara entstellt alle Plakate und Statuen in Townsville mit dicken Make-up-Schichten. Es dauert nicht lange, da sind auch die Bewohner nicht mehr vor ihr sicher. Eines Tages fallen ihr auch Bubbles und Buttercup in die Hände. Können die Powerpuff Girls der Maskenbildnerin noch Einhalt gebieten?