McNulty ist von Colonel Rawls zur Wasserschutzpolizei strafversetzt worden. Als McNulty eine unbekannte Tote im Hafenbecken entdeckt, wittert er eine günstige Gelegenheit, seinem ehemaligen Vorgesetzten eins auszuwischen. Auch Hafenpolizistin Beatrice ‚Beadie‘ Russell hat einen harten Tag: In einem Container findet sie die Leichen von dreizehn illegalen Einwanderinnen.

Um Geld für die Hafenarbeiter-Gewerkschaft aufzutreiben, lässt sich Frank Sobotka von Kriminellen wie dem ‚Griechen‘ schmieren. Doch nachdem dreizehn illegale Einwanderinnen in einem Frachtcontainer erstickt sind, macht Sobotka seinem Geschäftspartner bittere Vorwürfe. McNulty sorgt inzwischen dafür, dass auch der Fall der Toten aus dem Container in Colonel Rawls’ Abteilung landet.

Bei ihren Ermittlungen auf dem Frachter ‚Atlantic Light‘ stoßen Bunk und Lester auf eine Mauer des Schweigens, finden aber schließlich doch einen Hinweis, der sie weiterbringt. Valchek beschließt, den Druck auf Frank Sobotka zu erhöhen. Sobotkas Sohn Nick und sein Cousin Ziggy überlegen derweil, wie sie ihren kargen Lohn aufbessern können.

Fünf Gefangene sind durch das mit Strychnin versetzte Heroin umgekommen, das Stringer Bell dem Wärter Tilghman untergejubelt hatte. Avon profitiert davon gleich dreifach: Er bringt nicht nur seinen Neffen Dee dazu, kein Heroin mehr zu nehmen, sondern kann auch den lästigen Tilghman aus dem Weg räumen, indem er ihn an die Behörden verrät.

Ziggys Versuch, sich im Drogenhandel zu etablieren, scheitert kläglich. Sein Cousin Nick beweist mehr Geschäftssinn: Er schlägt Ziggy vor, im Auftrag des Griechen einige Container mit Chemikalien zu stehlen. Für Daniels’ Einheit sieht es derweil nicht gut aus. Obwohl die Hafenarbeiter-Gewerkschaft über verdächtig hohe Geldmittel verfügt, ist Frank Sobotka und seinen Kollegen nichts nachzuweisen.

Die Sonderkommission ermittelt weiter gegen die Hafenarbeiter-Gewerkschaft. Weil die Verhöre kein Ergebnis bringen, vertieft sich Russell in die Datenbank der Hafenbehörde. Er will herausfinden, auf welche Weise Container gestohlen und an den Kontrollen vorbei verschoben werden. Von Shardene erfahren die Polizisten, wo die Zwangsprostituierten landen, die über den Hafen reingeschmuggelt werden.

Herc und Carver besorgen sich eine Wanze, um den Dealer Frog abzuhören. Dabei entdecken die beiden, dass Frank Sobotkas Sohn Nick in den Drogenhandel verwickelt ist. Unterdessen bekommt Stringer auf Dees Beerdigung ein Angebot von Proposition Joe: Er ist bereit, Avon Barksdales Drogenring künftig mit Heroin zu beliefern, falls der Stringer im Gegenzug einen Teil der lukrativen Towers überlässt.

Bunk Moreland erlebt eine böse Überraschung: Als Teil der Abmachung zwischen Daniels und Rawls wird er zu Daniels’ Sonderkommission abkommandiert. Lester Freamon sucht inzwischen nach Möglichkeiten, vor Gericht eine Telefonüberwachung des Lagerhauses durchzusetzen. Und Frank Sobotka versucht den Griechen zu überzeugen, dass die Polizei dem Schmugglerring auf der Spur ist.

Bodie und seine Jungs müssen ihr neues Revier gegen rivalisierende Drogenhändler verteidigen. Bei einer Schießerei kommt es zu einem tragischen Zwischenfall. Die Sonderermittler Freamon, Bunk, McNulty und Russell sehen unterdessen ihre Felle davon schwimmen. Und die Schmugglerbande im Lagerhaus ahnt offenbar, dass sie überwacht wird.

Während die Sonderkommission modernste Satellitentechnologie für ihre Ermittlungen nutzt, muss Bodie tatenlos mit ansehen, wie sich Proposition Joes Dealer in seinem Revier breit machen. Valchek kocht immer noch vor Wut, weil man ihn bei den Ermittlungen an den Docks ausgebootet hat. Damit endlich etwas gegen seinen Erzfeind Frank Sobotka unternommen wird, wendet sich Valchek schließlich ans FBI.

Lieutenant Daniels und seine Leute stürmen das Lagerhaus von Pyramid Industries. Frustriert müssen die Polizisten feststellen, dass alle Beweise beseitigt wurden. Auch Frank Sobotka erhält schlechte Nachrichten: Sein Sohn Ziggy wurde wegen Mordes verhaftet und kein Politiker will nach dem FBI-Einsatz mehr mit Frank und seinen Plänen zur Erweiterung der Docks in Verbindung gebracht werden.

Mit dem Tod von Frank Sobotka und dem Verschwinden des Griechen scheinen auch die Polizeiermittlungen an einem toten Punkt angelangt zu sein. Doch dann wird im Hafen eine Leiche aus dem Wasser gezogen. Es ist Nicks Onkel Frank. Nick beschließt daraufhin, reinen Tisch zu machen und der Polizei alles zu erzählen, was er über den Griechen und dessen Organisation weiß.