Die X-Men eilen ins Stadtzentrum, um den tobenden Sabretooth zu fangen. Doch das Blatt wendet sich durch die Phalanx, eine beeindruckende Rasse von techno-organischen Formwandlern. Warlock stammt von den Phalanx ab und schließt sich mit Beast und Forge zusammen, um einen Blutrausch zu verhindern und die Erde zu retten.

Eine unerwartete Allianz wird gebildet, als die gemeinen Mutanten Mister Sinister und Magneto sich Beast, Forge und Warlock anschließen, um die Machtergreifung der Phalanx zu verhindern. Ein mutiger Angriffsplan auf das Zentrum der Phalanx verwickelt die X-Men in ein riskantes Kräftemessen am Empire State Building.

Omega Red, the destruction machine from the former Soviet Union and a sworn enemy of Wolverine, is thawed and sent two miles beneath the ocean to salvage a disabled, toxic nuclear submarine threatening to break up near Hawaii.

A disillusioned Cyclops leaves the X-Men and returns to the orphanage where he grew up, only to find it under the control of a mind-controlling mutant.

Mojo uses Jubilee as a 'prize' to lure Longshot and the X-Men into a deadly contest which Mojo broadcasts 'live' to raise ratings.

Arkon, Anführer eines sterbenden Planeten, entfesselt eine Sturmfront über Washington D.C., um die widerwillige Storm zu entführen. Der Rettungsversuch der X-Men wird zu einer wirklichen Herausforderung, als die Herrin der Elemente versucht, das verheerende Ökosystem des sterbenden Planeten wiederherzustellen.

Arkon, Anführer eines sterbenden Planeten, entfesselt eine Sturmfront über Washington D.C., um die widerwillige Storm zu entführen. Der Rettungsversuch der X-Men wird zu einer wirklichen Herausforderung, als die Herrin der Elemente versucht, das verheerende Ökosystem des sterbenden Planeten wiederherzustellen.

Storm willigt ein, Königin von Polemachus zu werden und die Vorbereitungen für die Hochzeit mit Arkon sind in vollem Gange, doch von Freude kann man im Palast nicht reden, denn die X-Men entdecken Sklaven, die von einem skrupellosen Tyrannen terrorisiert werden. Der große Tag droht eine eher turbulente Angelegenheit zu werden.

Jubilee führt widerstrebend eine Schülergruppe auf einer Höhlentour, als sie plötzlich mit den Kindern in rasch ansteigendem Wasser eingeschlossen wird. Während sie die Kinder mit einem Märchen über Mutanten aus dem Mittelalter beruhigt, liegt es an den echten X-Men, für ein märchenhaft glückliches Ende zu sorgen.

Der gefürchtete Mutant Apocalypse entsendet Fabian Cortez, um einen neuen Wirt für seine Flucht vom Astral-Planeten zu finden. Jubilee wird entführt und Beast wird in einen gewaltigen Kampf im Tempel verstrickt, bei dem Cortez auf frevelhafte Weise transformiert wird.

Wolverine erinnert sich an seine Mission im Zweiten Weltkrieg, einen entführten Wissenschaftler zu retten, und die heroische Allianz mit dem Super-Soldaten Captain America. Die Fronten werden gezogen, als sie auf den gefährlichen Nazi-Agenten Red Skull treffen und unerwartetem Verrat gegenüberstehen.

Rogue will im Süden einem merkwürdigen Mutanten mit Kanonenkugel-Antrieb nachspüren, der eine Minenkatastrophe verhindert hat. Während sich die Beziehungen zwischen Menschen und Mutanten verschlechtern, müssen die X-Men den explosiven Jungspund vor den Bewohnern seiner eigenen Stadt und vor einer nicht ganz einwandfreien Militäreinberufung beschützen.

Im viktorianischen London versucht ein Vorfahre von Professor Xavier, die menschliche Evolution angesichts eines verdrehten Doktors und seiner skrupellosen Mutantenexperimente aufrecht zu erhalten. Die Ursprünge des bösen Mister Sinister werden aufgedeckt...

Ein beängstigendes Finale, in dem Professor Xavier verstümmelt wird und im Sterben liegt. Die X-Men müssen sich der Bedrohung der Weltübernahme durch Magneto und dem Verlust ihres geliebten Anführers an das Shi'Ar-Imperium stellen.