The five Kage make the decision to keep Bee and Naruto out of the war. Meanwhile, Naruto and Yamato are taken to a remote island for training.

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Naruto, Yamato, Might Guy and Aoba are ready to depart for the remote island. When suddenly, Aoba and Guy are attacked by a giant marlin.

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Guy becomes extremely seasick resulting in a stop at a nearby island. Naruto finds Sakura, Ino and Choji who are on their own special mission.

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Naruto and the crew encounter a ghost ship. After boarding Naruto comes into contact with a boy called Hishaku who's shipmates were killed by a giant sea creature.

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Naruto's ship gets caught in a unique storm. The storm is the work of a group of savage pirates. After barely escaping their clutches, the crew wash up on an island which seems to have a devastating history.

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Naruto's ship is caught in another storm, when suddenly Guy is taken by a giant bird to a nearby island. After investigating the island Naruto finds that everything is a little bigger than normal.

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Guy remembers a terrible incident that may ruin Rock Lee's view of him. He continues training Rock Lee but the training all seems to relate to the terrible incident.

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Naruto's ship stops at a port to resupply. With no food everyone is starving. All seems fixed when Naruto purchases some Mushrooms. But that was only the start of a sudden flow of problems.

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Naruto's ship is caught in another storm. This time Naruto uses his shadow clones to defend the ship from harm. After the storm, Naruto becomes his own worst enemy and his shadow clones turn on him.

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Naruto's ship is caught in an obstacle field of reefs and a whirlpools. Shikamaru is along for the ride and the situation helps teach him a lesson.

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Tenten gets all the girls together to reminisce. Kiba also holds a get together for the boys to reminisce. meanwhile, Tsunade meets with the Fuedal Lord.

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Naruto's reputation is on the line as he is faced with a law breaking impostor claiming to be him.

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Konohamaru seeking to prove himself as a powerful ninja, challenges Temari to a battle. Things heat up as Temari taunts Konohamaru.

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Kokuyo craves leadership of a village through Shizuka's hand in marriage. Shizuka rejects his offers many times. Naruto then is forced into a battle for Shizuka's hand in marriage.

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Shino begins to reminisce about a mission he once took part in with Naruto, in which he learns the true meaning of friends and teammates.

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Tenten reminisces about the time when she craved to be like Lady Tsunade, only finding out that all her characteristics didn't align with Tsunade's.

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Sai is given the day off. He reminisces on his bonds with his friends, and ends up using his artistic skills to display his feeling of the the bond.

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Shikamaru, Ino and Choji reminisce on their time with Kosuke Maruboshi, and their time creating the Ino-Shika-Cho technique.

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Kiba is upset at the overbearing success of Naruto and seeks out Kakashi to help him train. Kakashi summons his dogs to spar with Kiba and Akamaru. The pair retreat to a spot that Kiba knows very well.

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Guy is extremely sea sick and accidentally sends an SOS turtle to get Kakashi's help.

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During a stop for supplies, Naruto meets Akatsuchi and Kurotsuchi of the Hidden Stone. They are on an important mission to deliver a letter from the Tsuchikage to the Mizukage.

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Zurück in Konohagakure erklärt Naruto Tsunade, dass er einen Oktopus finden müsse, um den Umgang mit dem Neunschwänzigen zu erlernen. Daraufhin entbrennt eine Diskussion zwischen den Kage, ob man im bevorstehenden vierten Shinobi-Weltkrieg die Macht des Achtschwänzigen und des Neunschwänzigen einsetzen soll.

Naruto, Yamato, Aoba und Guy werden von Tsunade auf eine S-Rang-Geheimmission geschickt. Hierfür müssen sie den Seeweg vom Feuer-Reich nach Kumogakure nehmen. Am Hafen angelangt, weigert sich die Mannschaft abzulegen, denn in der See soll ein Ungeheuer sein Unwesen treiben.

Einige Besatzungsmitglieder des Schiffes sind auf dem Weg ins Blitz-Reich seekrank geworden. Darum beschließt das Team, auf einer kleinen Insel einen Zwischenstopp einzulegen. Wie es der Zufall so will, treffen sie dort auf Sakura, Ino und Chōji, die ebenfalls von Tsunade auf eine Mission geschickt wurden.

Yamato erzählt auf der Reise nach Kumogakure seinen Mitreisenden Gruselgeschichten eines Geisterschiffes. Kurze Zeit darauf taucht ein echtes Geisterschiff auf. Dieses Schiff gleicht genau dem Schiff aus Yamatos Erzählung. Yamato, Aoba und Naruto machen sich sofort auf, das Schiff zu erkunden. Auf dem Schiff treffen sie auf den Schiffsjungen Hishaku.

Durch einen Sturm wurde das Steuerrad des Schiffs aus Konohagakure beschädigt. Während die Schiffsmannschaft versucht das Schiff zwischen Felsen zu manövrieren, werden sie wie aus dem Nichts angegriffen. Nachdem das Schiff getroffen wurde, erkennt Naruto, dass vor ihnen eine große Piratenflotte im Wasser treibt.

Während eines Unwetters taucht ein riesiger Vogel auf, der Guy schnappt und verschleppt. Schon kurze Zeit später bessert sich das Wetter und die Mannschaft entdeckt eine nahegelegene Insel. Auf der Insel angekommen, stellen Naruto und die restlichen Shinobi fest, dass die Insel gigantische Schlangen, Insekten und Vögel beheimatet.

Vor langer Zeit hatte Guy seinen Schüler als Belohnung zum Essen eingeladen. Im Verlauf des Abends schauten beide etwas zu tief ins Glas. Dementsprechend können sich Schüler sowie Sensei am nächsten Tag an nichts mehr erinnern. Um seinem Schüler aus dem Weg zu gehen und ihn somit von den Taten der Feier abzulenken, lässt sich Sensei Guy allerhand sinnlose Übungen einfallen.

Um genug Proviant während der zweiwöchigen Reise an Bord zu haben, legt Team Yamato mit ihrem Schiff in Kumogakure an. Der Seeweg der Stille ist sehr sagenumwogen. Naruto lässt sich zudem einen geheimnisvollen Pilz andrehen. Dieser vermehrt sich schon kurz nach dem Ablegen des Schiffes rasend schnell und vernichtet infolgedessen sämtliche Vorräte.

Während eines Sturms steht das Schiff kurz vor dem Untergang. Damit das Schiff und die Mannschaftsmitglieder überleben, beschwört Naruto seine Schattendoppelgänger zur Hilfe herauf. Diese können das Schiff und das Team retten. Jedoch zeigt Naruto gegenüber seinen Schattendoppelgängern keinerlei Dankbarkeit. Worauf diese in den Streik treten.

Noch immer befindet sich das Team aus Konoha auf ihrer Schiffsreise. Eines Tages tauchen plötzlich dichte Nebelschwaden auf, die das komplette Schiff umhüllen. Zudem sieht sich die Mannschaft umgeben von Felsen und Riffen, welche laut Seekarten überhaupt nicht existieren dürften. Die Teammitglieder müssen zahlreichen, plötzlich in Erscheinung tretenden Hindernissen, ausweichen.

Sämtliche Shinobi stehen sehr unter Druck. Denn ein Kampf mit den Akatsuki steht kurz bevor. Tenten lädt die anderen Mädels ein, um gemeinsam einen Abend zu verbringen und für kurze Zeit nicht an die bevorstehende Auseinandersetzung mit den befeindeten Ninja zu denken. Im wiedereröffneten Grillrestaurant erinnern sie sich gemeinsam an vergangene Erlebnisse und Missionen zurück.

Naruto und die restlichen Besatzungsmitglieder des Schiffes konnten sämtliche Hindernisse während ihrer bisherigen Reise überwinden und landen sicher in einer Hafenstadt. Die Mitglieder gehen von Bord, um in der Stadt neue Vorräte einzukaufen. Guy, Yamato und die andere Ninja staunen nicht schlecht, als sie von einem Mann überfallen werden, welcher behauptet Naruto Uzumaki zu sein.

Auch Konohamaru möchte sein Dorf und dessen Bewohner im bevorstehenden Kampf mit den Akatsuki beschützen. Jedoch empfinden die Erwachsenen des Dorfes seine Anwesenheit als störend. Sie beauftragen den jungen Ninja mit nervigen Hilfsaufgaben. Konohamaru will mehr machen und fasst den Entschluss, auf eigene Faust aktiv zu werden. Schon kurz darauf, kann er einen vermeintlichen Spitzel enttarnen.

Die Anführerin eines Dorfes fordert Naruto zu einem Duell heraus. Kurz darauf wird der Grund für den Kampf offenbart. Shizukas Mutter duellierte sich einst mit Jiraiya. Allerdings wurde kein Gewinner gekürt. Die Rivalen schworen sich damals, dass in ferner Zukunft ihre Schüler den Kampf beenden sollten.

Auf seiner Reise entdeckt Naruto plötzlich einen Marienkäfer, welcher um seine Nase fliegt. Dies erinnert den Shinobi an vergangene Ereignisse in Bezug auf Shino zurück. Dieser hatte große Schwierigkeiten, als Gewinner aus einem Zweikampf hervorzugehen. Shinos Situation spitze sich so sehr zu, dass er drohte, Team 8 zu verlassen.

Guy schwelgt in Erinnerungen. Er denkt an die Ausbildung von Tenten, Neji und Lee zurück. Damals wollte er die Ziele jedes Einzelnen wissen. Daraufhin berichtete Tenten, sie möchte wie Tsunade werden. Auch Lee hat ein großes Ziel: Der junge Shinobi will unbedingt ein großer Ninja werden, auch ohne die Anwendung von Gen- sowie Nin-Jutsu.

Sai hat endlich Zeit gefunden für seine große Leidenschaft: Dem Malen und Zeichnen. An den entlegensten Stellen innerhalb des zerstören Konoha, versucht er Inspirationen zu finden. Seine Ruhe wird jedoch zunächst von spielenden Kindern und im Anschluss von Naruto und Sakura gestört. Es kommt zu einem Duell zwischen Sai und Naruto, welches Naruto als Gewinner verlassen kann.

Obwohl keiner der Dorfbewohner weiß, wann die bevorstehenden Kämpfe starten werden, stecken alle bis zum Hals in Vorbereitungen. Ino ist aufgrund ihres Vaters sehr verärgert. Ihren Frust baut sie bei ihren Teamkameraden Shikamaru und Choji ab. Unbemerkt kann der alte Genin Kosuke das Gespräch belauschen.

Kiba kann es nicht verstehen, dass der ehemalige Loser des Dorfes, Naruto, in letzter Zeit immer im Mittelpunkt steht. Früher konnte Kiba seinen Kontrahenten stets besiegen. Bis zu dem Zeitpunkt, als Naruto anfing, wie ein Besessener zu trainieren und schließlich als Sieger aus den Duellen hervor gehen konnte. Im bevorstehenden großen Rennen möchte Kiba endlich wieder Naruto überlegen sein.

Kakashi wird von dem Kazekage zum neuen Anführer der alliierten Ninja-Truppen auserkoren. Währenddessen warnt Yamato seine Mitreisenden, vorsichtig gegenüber Fremden zu sein. Zumal es Solche gibt, welche vortäuschen eine andere Person zu sein. Kurz darauf entdeckt Guy mitten im Meer einen Mann, der genau wie Kakashi aussieht. Guy ist sich nicht sicher, ob der echte Kakashi vor ihm steht.

Vor vielen Jahren sabotierten die Shinobi aus Iwagakure eine Mission von Shinobi aus Kirigakure. Deswegen hegt Ganryu, ein Shinobi aus Kirigakure immer noch einen unglaublichen Groll gegen die Saboteure. Endlich ist die Zeit für Rache gekommen. Denn der Tsuchikage beauftragte Kurotsuchi und Akatsuchi sich nach Iwagakure für eine Mission zu begeben.